R语言可视化通路富集网络图

R语言可视化通路富集网络图

我们输入的数据包含 gene ID 和 vector(单样本)部分,这里的 gene ID 是一个通用概念,可以是基因、转录本、酶或蛋白质。这里的 vector 可以是样本的表达量、倍数变化, p-value, 组蛋白修饰数据等可测量的属
Python400
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里?

为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里?

1、简单易学。Go语言的作者本身就很懂C语言,所以同样Go语言也会有C语言的基因,所以对于程序员来说,Go语言天生就会让人很熟悉,容易上手。2、并发性好。Go语言天生支持并发,可以充分利用多核,轻松地使用并发。 这是Go语言最大的特点
Python260
Go语言的优势有哪些

Go语言的优势有哪些

1. 部署简单Go 编译生成的是一个静态可执行文件,除了glibc外没有其他外部依赖。这让部署变得异常方便:目标机器上只需要一个基础的系统和必要的管理、监控工具,完全不需要操心应用所需的各种包、库的依赖关系,大大减轻了维护的负担。2. 并发
Python140
基因或蛋白表达谱的时间动力学聚类分析(R包Mfuzz)

基因或蛋白表达谱的时间动力学聚类分析(R包Mfuzz)

在研究基因表达谱或者蛋白表达谱时,经常会涉及到对时间序列的分析。例如,不同的基因或蛋白表达水平随时间表现出怎样的动力学特征,怎样挖掘潜在的时间特征?本篇让我们来看一个能够分析基因表达谱或者蛋白表达谱的时间动力学特征的R包,Mfuz
Python120
Go语言有什么优势?

Go语言有什么优势?

GO语言的优势:可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编译的时候检查出来隐藏的大多数问题,动态语言的感觉就是有很多的包可以使
Python140
R语言绘制配对样品箱线图

R语言绘制配对样品箱线图

配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查
Python130
基于R语言的分类、聚类研究

基于R语言的分类、聚类研究

1.所有在对iris数据集分(聚)类研究中,setosa均可以完全正确分(聚)类,而另外两类则会出现不同程度的误差,这也是导致整个研究模型出现误差的原因; 2.在使用的三种分类研究方法中,决策树模型的效果最优,因此可以使用该方法进行鸢尾
Python180
拟时序分析

拟时序分析

单细胞测序可以检测一块组织中每个细胞的转录组情况,但其实一块组织中存在着不同发育状态的细胞,因此通过基因的表达情况我们可以了解一些细胞的发育状况和细胞转化的过程,目前为止做拟时序的软件就有monocle,velocity 等等,在这里我们对
Python380
R 数据可视化 —— 韦恩图

R 数据可视化 —— 韦恩图

对于数据集之间交叠关系的可视化,通常想到的是绘制韦恩图。 韦恩图是一种关系型图表,通过图形之间的重叠来反映数据集之间的相交关系。 下面,我们来简单介绍一下如何绘制韦恩图 绘制韦恩图的包有很多,比如gplots包的v
Python190
Java调用R语言中的绘图函数需要加载什么包吗?

Java调用R语言中的绘图函数需要加载什么包吗?

Java调用R,就是使用JRI.jar中的Api,执行一条R语言命令,当然首先你要了解R语言的语法。1.JRI中主要的APIRengine R引擎,通过它进行R语言的启动、运算、画图、关闭等功能。一个线程只能实例化一次,推荐使用单例模式。实
Python120
以基因名字合并两个数据集(R语言,merge函数)

以基因名字合并两个数据集(R语言,merge函数)

根据基因名字(列名),合并两个数据集(行数不同的,两个数据中基因对应的信息多条,多样) 不要问我拿来干什么,问就是在做附录的表格。 #注意基因名字的列明一定要改到是一样的,这是唯一的重点! #注意基因名字的列明一定要改到是一样的
Python250
go语言到底有什么好处

go语言到底有什么好处

1. 部署简单Go 编译生成的是一个静态可执行文件,除了glibc外没有其他外部依赖。这让部署变得异常方便:目标机器上只需要一个基础的系统和必要的管理、监控工具,完全不需要操心应用所需的各种包、库的依赖关系,大大减轻了维护的负担。2. 并发
Python160
深入浅出介绍聚类分析

深入浅出介绍聚类分析

聚类分析是生信分析中常用的工具,在转录组分析中经常用到。聚类分析将表达模式相似的基因聚类在一起,以基因集的形式进行后续分析,今天我给大家介绍其相关原理。 聚类方法有很多,常用的有以下几个: 下图的例子展示的是,差异表达基因集的聚类
Python310
生物信息学中GO是什么意思

生物信息学中GO是什么意思

GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)
Python1760
R语言画时间序列图

R语言画时间序列图

用xlim或者ylim命令。比如:# Specify axis options within plot()plot(x, y, main="title", sub="subtitle",xlab=
Python190
【R语言】--- 箱型图

【R语言】--- 箱型图

箱线图主要是通过四分位数描述数据分布,通过最大值,上四分位数,中位数,下四分位数,最小值五处位置描述数据分布情况。箱线图能够显示出可能为离群点(范围±1.5*IQR以外的值,IQR表示四分位距,即上四分位数与下四分位数的差值)的观测。从箱线
Python180
GO(Gene Ontology)

GO(Gene Ontology)

Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇,后来广泛用于计算机领域,发挥了很重要的作用,再后来这个概念被引入生物领域。 gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物(果蝇、小
Python110