R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作

R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作

现在假设你已经拿到了nwk格式的进化树文件,如下 现在进化树的所有信息都存储在了 tree 这个变量里 用到的的 geom_tiplab()可以首先加上 theme_tree2() 函数显示出坐标轴范围,然后用 xlim()
Python850
R012 基本图形-小提琴图vioplot()

R012 基本图形-小提琴图vioplot()

小提琴图在结束箱线图的讨论之前,有必要研究一种称为小提琴图(violin plot)的箱线图变种。小提琴图是箱线图与核密度图的结合。你可以使用vioplot包中的vioplot()函数绘制它。请在第一次使用之前安装vioplot包。viop
Python330
什么叫R语言数据可视化

什么叫R语言数据可视化

比如你有一个Excel数据文件,里面数据一大堆,看起来毫无规律,你是不是想做个饼图看一下各成分分布的百分比?是不是想做个折线图看有没有相关性或其他规律?是不是想做个直方图看哪个区间分布的较多?把这些数据做个图出来看起来更直观就叫数据可视化。
Python460
乙酰化反应详细资料大全

乙酰化反应详细资料大全

蛋白质的N-乙酰化修饰是将供体的乙酰基,例如乙酰辅酶A,转移到受体蛋白的末端胺基酸残基(α氨基) 或者链中的赖氨酸残基(ε氨基)上。N α -乙酰化和N ε -乙酰化都是由乙酰基转移酶提供反应的微环境,使得携带乙酰基的乙酰辅酶A与接受乙酰
Python120
基因ID转换---R语言

基因ID转换---R语言

这里使用的是Y叔的R包clustProfilter,里面有个函数bitr()但是使用这种方法总是会有一些基因比对不上,就会有类似的warning如果有更好的方法,欢迎大家一起探讨! 有现成的包:matchprobes包
Python140
R语言绘制配对样品箱线图

R语言绘制配对样品箱线图

配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查
Python210
R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

原文: R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)====================================== 在前一章(TCGA生存分析)中,我们描述了生存分析的基本概念以及分析和总结生存数据的方法,包括:1.
Python170
Go语言能做什么?

Go语言能做什么?

Go 语言被设计成一门应用于搭载 Web 服务器,存储集群或类似用途的巨型中央服务器的系统编程语言。对于高性能分布式系统领域而言,Go 语言无疑比大多数其它语言有着更高的开发效率。学习Go语言,可以说是很简单的,入门快,想学习Go语言,可以
Python160
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一
Python180
Go语言怎么样?

Go语言怎么样?

根据Go趋势报告显示,全球范围内有 110 万专业开发者选择Go作为其主要开发语言。如果把以其他编程语言作为主要开发语言,同时也在使用Go的开发者计算在内,这一数字将高达270万,中国的Go语言开发者排名第一,全球占比超过16%。Go 语
Python350
Python实现基于遗传算法的排课优化

Python实现基于遗传算法的排课优化

排课问题的本质是将课程、教师和学生在合适的时间段内分配到合适的教室中,涉及到的因素较多,是一个多目标的调度问题,在运筹学中被称为时间表问题(Timetable Problem,TTP)。设一个星期有n个时段可排课,有m位教师需要参与排课,
Python420
R语言可视化通路富集网络图

R语言可视化通路富集网络图

我们输入的数据包含 gene ID 和 vector(单样本)部分,这里的 gene ID 是一个通用概念,可以是基因、转录本、酶或蛋白质。这里的 vector 可以是样本的表达量、倍数变化, p-value, 组蛋白修饰数据等可测量的属
Python280
下载GOKEGG某一pathway的genelist

下载GOKEGG某一pathway的genelist

参考网站 R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集 使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的基因笨方法可以去KEGG官网复制然后分列提取 GO
Python290
多元统计学-聚类分析

多元统计学-聚类分析

1. 应用统计学与R语言实现学习笔记(十)——聚类分析 ) 2. 厦门大学-多元统计分析3. DBSCAN 密度聚类法4. 四大聚类算法(KNN、Kmeans、密度聚类、层次聚类)俗话说,物以类聚,人以群分。聚
Python280
GO语言入门,有什么好的教程啊?

GO语言入门,有什么好的教程啊?

可以学习黑马程序员的这个教程20小时快速入门go语言:网页链接go语言的优势可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编
Python180