R语言-第一次用RStudio 画热图作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。2023-02-24Python210
如何用r语言绘制多变量散点图给你一些代码,你慢慢研究:install.packages('ggplot2')library(ggplot2)ggplot(a)+geom_bar(aes(x1,y,fillcol=x1x2),position=&2023-02-24Python170
PCAWG | 泛癌全基因组分析发表期刊:Nature 发表日期:2020.02 影响因子:42.778 癌症是全球第二大常见死因,每年超过800万人因癌症丧命。预计在未来十年,癌症发生率将增加50%以上。癌症是体细胞亚克隆自主发展和扩散类疾病的总称。癌症克2023-02-24Python240
R语言可视化通路富集网络图我们输入的数据包含 gene ID 和 vector(单样本)部分,这里的 gene ID 是一个通用概念,可以是基因、转录本、酶或蛋白质。这里的 vector 可以是样本的表达量、倍数变化, p-value, 组蛋白修饰数据等可测量的属2023-02-24Python230
怎么用r语言做t copula(1)不要认为你认为懂的别人都懂,要把所有的基本情况都得交代清楚,否则,别人无法和你交流。(2) 所提问题要具体,把数据、执行的具体的stata命令、最终的结果等都列出来,便于别人判断。 如: 提问说“我xtgls命令不能回归”,你说这2023-02-24Python230
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一2023-02-24Python120
怎么用r语言进行dna菌群多样性分析基因测序分析微生物菌群结构 NA是什么意思微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之2023-02-24Python160
【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言: 仍然是三代测序数据的分析,宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图,用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。 1.读取数据 一共有11个样本,每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me2023-02-24Python130
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里1、学习曲线它包含了类C语法、GC内置和工程工具。这一点非常重要,因为Go语言容易学习,所以一个普通的大学生花一个星期就能写出来可以上手的、高性能的应用。在国内大家都追求快,这也是为什么国内Go流行的原因之一。2、效率Go拥有接近C的运行效2023-02-24Python150
单细胞数据分析中的秩和检验与t检验在单细胞数据分析的过程中,寻找差异基因的过程需要用到对基因统计的假设检验(例如函数FindAllMarkers中的test.use参数),我们这里来深入了解一下假设检验的方法和应用环境。 秩和检验适用于广泛的统计学环境,秩和检验是检验2023-02-24Python170
Go语言能在中国这么火是因为什么?go语言之所以能成为我国最火的语言,是因为编写服务端高并发程序的优势。我大中华区但凡pv,日活高点的网站,应用,谁没点这个需求。这个领域中最优的几个:golang,erlang,rust。日常生活中人类社交是当今社会上的必然性,人们也伴随着2023-02-24Python130
R语言箱式图的制作代码#使用并列箱线图进行跨组比较,如图6-12#公式y~A*B则将为类别型变量A和B所有水平的两两组合生成数值型变量y的箱线图, 例子的mpg~cyl表示为四缸、六缸、八缸发动机对每加仑汽油行驶的英里数的影响。boxplot(mpg~cyl,d2023-02-24Python150
Go语言有什么优势?GO语言的优势:可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编译的时候检查出来隐藏的大多数问题,动态语言的感觉就是有很多的包可以使2023-02-24Python160
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一2023-02-24Python210
Go语言有什么优势?GO语言的优势:可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编译的时候检查出来隐藏的大多数问题,动态语言的感觉就是有很多的包可以使2023-02-24Python180
R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO,当然少不了KEGG了。 同样的,我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果。 对于KEGG,我比较喜欢做气泡图,这样用两种形式的图结合在一起,效果更丰富更2023-02-24Python210
R语言 数据挖掘-文本分析(1)刚接触R语言一周,和matab不同R作用于数据挖掘的库很多,详解见R语言数据挖掘包,下面简介文本分析经常使用到的三个包tm为文本挖掘提供综合性处理 Rwordmsg进行中文分词wordcloud统计2023-02-24Python210
R绘图|染色体SNP指数图绘制前几天,老师让我画一个这样的图。粗略一看,似乎没有什么特别困难的地方,好像之前也看到过类似的图,但是看到老师发来的链接才发现这居然是Nature出版期刊( Horticulture Research )的配图。volume2023-02-24Python220
R语言-均值合并多个探针对应一个基因数据框:mRNA; 基因名列:Symbol(在该数据框最后一列); results = t(sapply(split(mRNA,mRNA$Symbol),function(x) colMeans(x[,1:(ncol(x)-1)])))2023-02-24Python160
go语言到底有什么好处1. 部署简单Go 编译生成的是一个静态可执行文件,除了glibc外没有其他外部依赖。这让部署变得异常方便:目标机器上只需要一个基础的系统和必要的管理、监控工具,完全不需要操心应用所需的各种包、库的依赖关系,大大减轻了维护的负担。2. 并发2023-02-24Python190