聚类分析4—环境数据来解释 (数量生态学:R语言的应用-第四章)

聚类分析4—环境数据来解释 (数量生态学:R语言的应用-第四章)

在这之前我们学习了聚类分析的基本概念、几种计算层次聚类的方法、进一步解读和比较层次聚类结果以及非层次聚类,这些聚类方法都是基于物种多度数据对样方进行分组,当然这些聚类方法也可以用于其他类型数据,特别是环境数据,所以本次就是介绍用 环境数据
Python180
初学者R语言:热图基础画法及个性化调整详解

初学者R语言:热图基础画法及个性化调整详解

热图(Heatmap):用颜色变化直观的表达数据之间差异的图,是对实验数据进行质制和差异数据的展现,是数据挖掘类文章的标配。 例如上图,每个小方格表示每个基因,其颜色表示该基因表达量大小,表达量越大颜色越深(红色为上调,蓝色为下调)。每
Python250
R语言网络图介数怎么算

R语言网络图介数怎么算

在最短路算法的基础上,每替换一次k点时该点介数+1,(k,j)边介数+1,不知道你的最短路总数怎么算,是包括所有的还是只包括3节点以上的路?反正再除下最短路总数就出来了。R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、
Python240
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一
Python170
R语言可视化通路富集网络图

R语言可视化通路富集网络图

我们输入的数据包含 gene ID 和 vector(单样本)部分,这里的 gene ID 是一个通用概念,可以是基因、转录本、酶或蛋白质。这里的 vector 可以是样本的表达量、倍数变化, p-value, 组蛋白修饰数据等可测量的属
Python220
网络药理学如何写论文

网络药理学如何写论文

网络药理学写论文的材料素材:1、从要研究的方剂中药中获得有效成分。2、根据有效成分预测靶基因。3、根据表型获得对应的靶基因。4、有效成分对应的靶基因与表型对应的靶基因取交集。5、构建中药方剂有效成分靶基因网络。写作技巧基于系
Python210
【R语言】--- 箱型图

【R语言】--- 箱型图

箱线图主要是通过四分位数描述数据分布,通过最大值,上四分位数,中位数,下四分位数,最小值五处位置描述数据分布情况。箱线图能够显示出可能为离群点(范围±1.5*IQR以外的值,IQR表示四分位距,即上四分位数与下四分位数的差值)的观测。从箱线
Python210
转录组分析1——原始数据以及过滤

转录组分析1——原始数据以及过滤

RNA-Seq主要有三个步骤,分别是第一:建库;第二,测序;第三,数据分析 1、先登录界面找到这个数据集所在位置:https:www.ncbi.nlm.nih.govgeoqueryacc.cgi?acc=GSE52778
Python190
基因或蛋白表达谱的时间动力学聚类分析(R包Mfuzz)

基因或蛋白表达谱的时间动力学聚类分析(R包Mfuzz)

在研究基因表达谱或者蛋白表达谱时,经常会涉及到对时间序列的分析。例如,不同的基因或蛋白表达水平随时间表现出怎样的动力学特征,怎样挖掘潜在的时间特征?本篇让我们来看一个能够分析基因表达谱或者蛋白表达谱的时间动力学特征的R包,Mfuz
Python220
“对称散点图”的绘制(R语言)

“对称散点图”的绘制(R语言)

转录组分析中,计算了两组间差异表达的基因后,通常怎样表示?您可能第一时间想到可以使用火山图。的确,火山图是使用频率最多的,在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值,识别和判断差异表达基因概况。火山图实质
Python150
【R语言】--- 箱型图

【R语言】--- 箱型图

箱线图主要是通过四分位数描述数据分布,通过最大值,上四分位数,中位数,下四分位数,最小值五处位置描述数据分布情况。箱线图能够显示出可能为离群点(范围±1.5*IQR以外的值,IQR表示四分位距,即上四分位数与下四分位数的差值)的观测。从箱线
Python130
想把GO当第二语言,网上哪些教GO的课程比较好?

想把GO当第二语言,网上哪些教GO的课程比较好?

go也是我的第二语言,我对比过很多家平台,觉得还是慕课网的go课程更好,实用性比较强。尤其是我学的这门go开发工程师,除了理论还有大量的实战项目,感觉很实在。不过这门课最近做活动,我买的贵了,sad...可以学习黑马程序员的这个教程20小
Python190
R绘图|韦恩图的常见绘制方法

R绘图|韦恩图的常见绘制方法

实验设计:对照组,TNF处理组,TGF处理组,IL4处理组,每组3个生物学重复 实验分组:TNF组 vs 对照组;TGF组 vs 对照组;IL4组 vs 对照组 所得数据:三种分组比较下的差异基因 最终需求:直观展示三组差异结
Python140
网络药理学拓扑分析的条件

网络药理学拓扑分析的条件

网络药理学拓扑分析的条件1. 生物学网络拓扑分析需要一系列计算机程序和软件。2. 需要一组完整的网络数据,包括节点(蛋白质,基因等)和边(相互作用,调控等)。3. 需要有关药物作用机制的相关信息,如药物与蛋白质或基因的相互作用。4. 需要有
Python240
ruby—cell在中国有销售吗

ruby—cell在中国有销售吗

是的,Rubycell在中国有销售。 Rubycell在中国拥有官方商城、官方旗舰店、非官方商城等多个销售平台,可以购买到正品Rubycell产品。是的,Rubycell在中国有销售。 Rubycell在中国拥有官方商城、官方旗舰店、非官方
Python220
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

1、学习曲线它包含了类C语法、GC内置和工程工具。这一点非常重要,因为Go语言容易学习,所以一个普通的大学生花一个星期就能写出来可以上手的、高性能的应用。在国内大家都追求快,这也是为什么国内Go流行的原因之一。2、效率Go拥有接近C的运行效
Python250
如何用R语言绘制热图

如何用R语言绘制热图

# --enable-R-shlib 需要设置,使得其他程序包括Rstudio可以使用R的动态库# --prefix指定软件安装目录,需使用绝对路径.configure --prefix=homeehbioR3.4.0 --ena
Python360