【R语言】--- 箱型图箱线图主要是通过四分位数描述数据分布,通过最大值,上四分位数,中位数,下四分位数,最小值五处位置描述数据分布情况。箱线图能够显示出可能为离群点(范围±1.5*IQR以外的值,IQR表示四分位距,即上四分位数与下四分位数的差值)的观测。从箱线2023-02-25Python380
什么叫R语言数据可视化比如你有一个Excel数据文件,里面数据一大堆,看起来毫无规律,你是不是想做个饼图看一下各成分分布的百分比?是不是想做个折线图看有没有相关性或其他规律?是不是想做个直方图看哪个区间分布的较多?把这些数据做个图出来看起来更直观就叫数据可视化。2023-02-25Python120
在线和本地两种方法构建 RAxML 进化树方法和解读1. CIPRES网站: CIPRES Science Gateway V 3.3 : https:www.phylo.orgportal2home.action#2. 上传数据,选择RAXML tools 3. 设置参2023-02-25Python410
R语言绘制配对样品箱线图配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查2023-02-25Python150
R语言绘制配对样品箱线图配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查2023-02-25Python850
R语言绘制配对样品箱线图配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查2023-02-25Python200
R语言-第一次用RStudio 画热图作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。2023-02-25Python260
r语言需要下载什么软件《R语言4.0.4软件》百度网盘资源免费下载:链接: https:pan.baidu.coms160twe4ScMvIbGm2TI_sjHw?pwd=3ts7 提取码: 3ts7R语言4.0.4是一款专业的统计建模软件,与其它建2023-02-25Python200
GO注释和富集分析GO注释是对某个特定基因功能的描述。每一条GO注释由一个基因和相应的GO term组成。这些描述一起构成了当前的生物学认知的“快照”。关于基因功能的碎片化的认知可能建立在不同的等级之上,这就是为什么每条GO注释总是会引用其基础的证据。证据以2023-02-25Python160
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-25Python200
为什么要使用 Go 语言,Go 语言的优势在哪里部署简单。Go编译生成的是一个静态可执行文件,除了glibc外没有其他外部依赖。这让部署变得异常方便:目标机器上只需要一个基础的系统和必要的管理、监控工具,完全不需要操心应用所需的各种包、库的依赖关系,大大减轻了维护的负担。这和Python2023-02-25Python280
RNA-seq分析(三)DESeq2R语言数据类型 :向量(vector);列表(list);矩阵(matrix);数组(array);因子(factor);数据框(data.frame) 详细介绍可参考R 数据类型 | 菜鸟教程 (runoob.com)2023-02-25Python420
初学者R语言:热图基础画法及个性化调整详解热图(Heatmap):用颜色变化直观的表达数据之间差异的图,是对实验数据进行质制和差异数据的展现,是数据挖掘类文章的标配。 例如上图,每个小方格表示每个基因,其颜色表示该基因表达量大小,表达量越大颜色越深(红色为上调,蓝色为下调)。每2023-02-25Python230
R语言安装了mvstats程序包但是为什么显示不存在?提示压缩板卡不存在或驱动安装不正确有几种情况:1、驱动未被正确安装,导致软件无法正确识别采集卡。2、采集卡或PCI插槽损坏,导致系统根本未找到采集卡。先进入“设备管理器”,看是否采集卡被系统错误地识别为了其他设备并自动加载了驱动。如果设备管2023-02-25Python250
Go语言的特点类型 在变量名后边 也可不显式声明类型, 类型推断,但是是静态语言, name一开始放字符串就不能再赋值数字 方法,属性 分开方法名首字母大写就是就是外部可调的 面向对象设计的一个重要原则:“优先使用组合而不是继承”2023-02-25Python220
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一2023-02-25Python130
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一2023-02-25Python130
R语言画时间序列图用xlim或者ylim命令。比如:# Specify axis options within plot()plot(x, y, main="title", sub="subtitle",xlab=2023-02-25Python210
r语言randomforest包下载不了原因:1.可能因为lib没有制定文件夹,导致R不知道下载哪里;2.可能因为源用不了(一个是没有在global option里面选择,一个是因为开了vpn)解决:#.libPaths("C:UsersyeziguniangDo2023-02-25Python100
R语言DESeq2基因差异表达分析经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需2023-02-25Python330