多元统计学-聚类分析1. 应用统计学与R语言实现学习笔记(十)——聚类分析 ) 2. 厦门大学-多元统计分析3. DBSCAN 密度聚类法4. 四大聚类算法(KNN、Kmeans、密度聚类、层次聚类)俗话说,物以类聚,人以群分。聚2023-02-25Python240
R语言ggcorrplot包绘制相关性热图热图是科研论文中一种常见的可视化手段,而在转录组研究领域,我们常常需要分析一些基因与基因之间的相关性,来判断生物样本中是否存在共表达情况,以及共表达基因模块。除了基因集之间,其他方向,比如免疫细胞群体之间相关性,样本的相关性,也常常用相关性2023-02-25Python200
Go语言的优势有哪些1. 部署简单Go 编译生成的是一个静态可执行文件,除了glibc外没有其他外部依赖。这让部署变得异常方便:目标机器上只需要一个基础的系统和必要的管理、监控工具,完全不需要操心应用所需的各种包、库的依赖关系,大大减轻了维护的负担。2. 并发2023-02-25Python160
R语言箱式图的制作代码#使用并列箱线图进行跨组比较,如图6-12#公式y~A*B则将为类别型变量A和B所有水平的两两组合生成数值型变量y的箱线图, 例子的mpg~cyl表示为四缸、六缸、八缸发动机对每加仑汽油行驶的英里数的影响。boxplot(mpg~cyl,d2023-02-25Python160
嵌套Venn图的绘制(R语言)如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多2023-02-25Python170
R语言画时间序列图用xlim或者ylim命令。比如:# Specify axis options within plot()plot(x, y, main="title", sub="subtitle",xlab=2023-02-25Python430
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里?1、简单易学。Go语言的作者本身就很懂C语言,所以同样Go语言也会有C语言的基因,所以对于程序员来说,Go语言天生就会让人很熟悉,容易上手。2、并发性好。Go语言天生支持并发,可以充分利用多核,轻松地使用并发。 这是Go语言最大的特点2023-02-25Python210
R语言计算β多样性指数及分析计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B2023-02-25Python180
R语言绘制配对样品箱线图配对箱线图,常见于配对样本的数据分析中。 例如下图示例,为了研究某些基因在肿瘤组织和正常组织中是否具有表达量的显著不同,在取样时,往往会在同一患者个体中同时获取肿瘤和临近正常组织,两个组织样本就是配对关系。当然在这类研究中,往往需要调查2023-02-25Python190
WGCNA(1):R包安装及数据导入清洗WGCNA :加权基因共表达网络分析,简而言之,就是将基因划分为若干个模块,探究与表型数据与基因模块之间的相关关系,并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式,推荐5组(或者15个样品)以上的数据。一般可应用的研究方向有:不同器2023-02-25Python240
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里1、学习曲线它包含了类C语法、GC内置和工程工具。这一点非常重要,因为Go语言容易学习,所以一个普通的大学生花一个星期就能写出来可以上手的、高性能的应用。在国内大家都追求快,这也是为什么国内Go流行的原因之一。2、效率Go拥有接近C的运行效2023-02-25Python250
复现详解:纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt,把GSE112996_series_matrix.txt解压,得到如下两个文件,把这两个文件放到对应的project文件夹2023-02-25Python150
深入浅出介绍聚类分析聚类分析是生信分析中常用的工具,在转录组分析中经常用到。聚类分析将表达模式相似的基因聚类在一起,以基因集的形式进行后续分析,今天我给大家介绍其相关原理。 聚类方法有很多,常用的有以下几个: 下图的例子展示的是,差异表达基因集的聚类2023-02-25Python160
R绘图|ggplot2火山图的绘制上一期 R绘图|ggplot2散点图的绘制 简单介绍了散点图在高通量数据展示上的作用,以及如何绘制?散点图在数据展示上存在局限,只能体现基因的差异幅度,并不能体现统计学意义。因此,在高通量文章中,还有一种较为全面的展示数据特点的工具——火2023-02-25Python190
R语言DESeq2基因差异表达分析经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需2023-02-24Python630
4.1 Go语言中包(Packages)基础知识先看一下目录结构,注意这里的src名称是必须的,go在设置了GOPATH后,默认会添加src去寻找package,暂未查询是否有方法不按照src查询 根据上面的描述,Go语言中通过包中函数的名称来区分公共函数和私有函数,我们在m2023-02-24Python270
GO文件中的注释信息是如何得到的一直很好奇GO注释文件中的信息是如何得到的,终于在《The Gene Ontology Handbook》中找到了答案。 GO的原始文件可以分为两部分:ontology和association files。 该文件以obo格式储存,2023-02-24Python160
【R语言】--- 箱型图箱线图主要是通过四分位数描述数据分布,通过最大值,上四分位数,中位数,下四分位数,最小值五处位置描述数据分布情况。箱线图能够显示出可能为离群点(范围±1.5*IQR以外的值,IQR表示四分位距,即上四分位数与下四分位数的差值)的观测。从箱线2023-02-24Python400
怎么用r语言进行dna序列比对基因库基因库是一个虚拟的概念。指一个种群里所有个体的所有基因。基因文库是贮存某物种基因的一个微生物群体。比如,我们可以把人类的所有基因用限制酶切割后,用DNA连接酶将这些基因片断和运载体连接,导入到细菌细胞,然后大量培养这些细菌细胞,就形成了一个2023-02-24Python190
GO语言入门,有什么好的教程啊?可以学习黑马程序员的这个教程20小时快速入门go语言:网页链接go语言的优势可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编2023-02-24Python230