读取文件用得比较多的参数有:
“header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。
read.csv里的参数不多,如运行以下命令时,读取文件用得比较多的参数有,“header”,“ sep ”,“ quote”,“dec”,“fill ”,“comment.char ”。
在RStudio中从文件夹“file”的子目录“New file”里打开R markdown:
了解markdown一些选项和图标的功能:
如图中的解释:
R语言中的pheatmap包是制作热图的一个工具,在基因表达中,根据得来的实验数据,在使用pheatmap制作的基因表达或其它测试结果的热图中,如可以用不同颜色展示基因的表达量的差异。
注:引用网上的数据( https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72770404 )练习,刚接触,需要花一些时间去了解
补充:
1.今天涉及到一些快捷键的使用
输入简单的向量,paste和paste0输入方式是一样的,如:
输入多个向量,paste需要在每个向量间用sep = " ",分开。
热图(Heatmap):用颜色变化直观的表达数据之间差异的图,是对实验数据进行质制和差异数据的展现,是数据挖掘类文章的标配。
例如上图,每个小方格表示每个基因,其颜色表示该基因表达量大小,表达量越大颜色越深(红色为上调,蓝色为下调)。每行表示每个基因在不同样本中的表达量情况,每列表示每个样品中所有基因的表达量情况。上方树形图表示对来自不同实验分组的不同样品的聚类分析结果