大家应该都记得孟德尔豌豆的黄圆绿皱吧？其中「皱」这个性状就和转座子有关，这个研究在1990年1月发表于《Cell》杂志「2」。我们当年再学高中生物的时候，一般把这个位点称为R/r, 它代表「皱」（rugosus）, 它是隐形的，所以只有当两个等位基因都是r的时候，表型才会是「皱」。控制这个性状的基因是一个淀粉分支酶 (starch-branching enzyme, SBEI)，这个基因被克隆后，发现在表型为「皱」的rr植物里，这个基因都有一个0.8kb的转座子插入，这个转座子和玉米里的Ac/Ds比较类似。这个插入就会导致淀粉分支酶SBEI失活，从而影响到种子里淀粉，脂类，以及蛋白质的代谢, 最终导致了「皱」的表型。
血橙又是一个有意思的例子，不知道现在在国内是不是容易买到血橙，有研究表明血橙可以降低心血管疾病的风险，以及在小鼠实验中有避免肥胖症的功效。目前主要的栽培品种主要有三种：塔罗科血橙（Tarocco，原生于意大利）、桑吉耐劳血橙（Sanguinello 原生于西班牙）以及摩洛血橙（Moro），为最新的变种「5」。而Jingxian是一个独立起源于中国的血橙品种。血橙的商业生产一直不太稳定，因为其果肉的颜色会受到温度的影响。
这个转座子属于LTR反转录转座子，它插入在Ruby基因的上游，导致Ruby会在低温条件下表达。奈维林娜 (Navalina)是一种脐橙，这种橙子带有未被转座子插入的Ruby基因，在果肉里只会微量的表达，而塔罗科血橙 (Tarocco), 转座子正好插入了Ruby编码序列的上游，这个转座子为Ruby提供了一个新的启动子，使其可以在果肉里表达，从而导致了其果肉更深的颜色。同时，这个启动子还会受到低温调控，所以这个基因表达会受到温度的影响。在摩洛血橙 (Moro)里，一个在LTR间的重组使得Ruby的表达量更大，所以Maro的颜色也就更深了。
