GO富集结果整体可视化

Python05

GO富集结果整体可视化,第1张

  GO (Gene Ontology )是一个基因功能的国际标准分类体系。意在从分子功能 (Molecular Function)、生物过程 (Biological Process)、和细胞组成 (Cellular Component) 三个层面对基因和蛋白质功能进行限定和描述,建立一个适用于各种物种并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。

  GO富集分析已经算是很常规的分析内容,可以很方便地将分析得到的基因集归类到不同的GO条目,从而让研究者可以轻松地得知这些基因都参与哪些生物过程。GO分析的操作这里就不再赘述了,网上有很多相关的帖子,基本上常规的物种用clusterProfiler包就可以解决了。今天我想来谈谈如何可视化GO分析的结果。对于GO富集结果的可视化,最常见的就是用条形图和气泡图来展示部分关注的条目。

  上面两种展现形式最为常见,可以很好地展示关注的条目。我们都知道有时候GO富集的条目会很多,如果想整体预览一下,有没有什么方法可以展示所有条目都涉及哪些功能呢?答案是肯定的。下面就来介绍一下simplifyEnrichment包是如何展示GO富集结果的。这里用该包中数据做一个演示。

结果如下图:

  结果看起来还是有点高大上的感觉,从图中可以看出496个GO条目根据条目名称的语意相似性被分成9个大类,每个大类右边有注释条,标明了每个类中涉及的条目关键字,有点类似词云的感觉。

  该包使用起来很简单,虽然不能准确的展示每个GO条目,但可以从整体上概览GO条目都涉及哪些方面,对于后续筛选还是很有帮助的。该包还有更为细节的用法,这里就不再赘述了,感兴趣的可以自己去摸索。按照惯例最后附上官方说明链接: Simplify Functional Enrichment Results 和 Word Cloud Annotation 。

优就业的Python课程一共设置了5大阶段,主要学习内容如下

第一阶段:Python核心编程——Python语言基本介绍、面向对象编程、Linux操作系统、文件系统与用户管理、进程管理与服务配置、Shell编程与bash,源文件编译、版本控制、MySQL使用、MySQL进阶等。

第二阶段:全栈开发——HTML、CSS、JavaScript、jQuery、 BootStrap、Vue、Web开发基础、数据库操作、FLask配置、Django认识、Models、Templates、Views、Tornado框架进阶、ElasticSearch等。

第三阶段:网络爬虫——爬虫与数据、Scrapy框架、Scrapy框架与信息实时抓取、定时爬取与邮件监控、NoSQL数据库、Scrapy-Redis框架、百万量数据采集等。

第四阶段:人工智能——数据分析、pyechart模块动态可视化、词云、分类算法、聚类算法、回归类算法、关联算法、卷积神经网络、TensorFlow+PaddlePaddle、图像识别等。

第五阶段:就业指导——最后就业指导分为面试就业指导、专业技术指导两方面。

因为优就业Python课程内容会不定期更新,课程时长也会对应有所调整,就目前来看Python的学习时间是在5个月左右。Python课程设置时长是和学习内容紧密相关的,相对而言,课程内容涉及越广、内容越多,学习时间也会长。

第一步:Python开发基础

Python全栈开发与人工智能之Python开发基础知识学习内容包括:Python基础语法、数据类型、字符编码、文件操作、函数、装饰器、迭代器、内置方法、常用模块等。

第二步:Python高级编程和数据库开发

Python全栈开发与人工智能之Python高级编程和数据库开发知识学习内容包括:面向对象开发、Socket网络编程、线程、进程、队列、IO多路模型、Mysql数据库开发等。

第三步:前端开发

Python全栈开发与人工智能之前端开发知识学习内容包括:Html、CSS、JavaScript开发、Jquery&bootstrap开发、前端框架VUE开发等。

第四步:WEB框架开发

Python全栈开发与人工智能之WEB框架开发学习内容包括:Django框架基础、Django框架进阶、BBS+Blog实战项目开发、缓存和队列中间件、Flask框架学习、Tornado框架学习、Restful API等。

第五步:爬虫开发

Python全栈开发与人工智能之爬虫开发学习内容包括:爬虫开发实战。

第六步:全栈项目实战

Python全栈开发与人工智能之全栈项目实战学习内容包括:企业应用工具学习、CRM客户关系管理系统开发、路飞学城在线教育平台开发等。

第七步:数据分析

Python全栈开发与人工智能之数据分析学习内容包括:金融量化分析。

第八步:人工智能

Python全栈开发与人工智能之人工智能学习内容包括:机器学习、数据分析 、图像识别、自然语言翻译等。

第九步:自动化运维&开发

Python全栈开发与人工智能之自动化运维&开发学习内容包括:CMDB资产管理系统开发、IT审计+主机管理系统开发、分布式主机监控系统开发等。

第十步:高并发语言GO开发

Python全栈开发与人工智能之高并发语言GO开发学习内容包括:GO语言基础、数据类型与文件IO操作、函数和面向对象、并发编程等。