R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python120
嵌套Venn图的绘制(R语言)

嵌套Venn图的绘制(R语言)

​如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多
Python170
为什么要使用 Go 语言,Go 语言的优势在哪里

为什么要使用 Go 语言,Go 语言的优势在哪里

已经有好多程序员都把Go语言描述为是一种所见即所得(WYSIWYG)的编程语言。这是说,代码要做的事和它在字面上表达的意思是完全一致的。 在这些新语言中,包含D,Go,Rust和Vala语言,Go曾一度出现在TIOBE的排行榜上面。与其他新
Python140
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

1、学习曲线它包含了类C语法、GC内置和工程工具。这一点非常重要,因为Go语言容易学习,所以一个普通的大学生花一个星期就能写出来可以上手的、高性能的应用。在国内大家都追求快,这也是为什么国内Go流行的原因之一。2、效率Go拥有接近C的运行效
Python130
“对称散点图”的绘制(R语言)

“对称散点图”的绘制(R语言)

转录组分析中,计算了两组间差异表达的基因后,通常怎样表示?您可能第一时间想到可以使用火山图。的确,火山图是使用频率最多的,在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值,识别和判断差异表达基因概况。火山图实质
Python150
R语言中执行limma包中的lmFit时出错

R语言中执行limma包中的lmFit时出错

您好,这样的:步骤1:打开你电脑中的杀毒软件步骤2:关掉杀毒软件的实时防护监控功能步骤3:在线或本地安装你要装的R安装包步骤4:安装完R安装包后,重新打开杀毒软件的实时防护监控功能。步骤5:在R中运行你刚才安装的包。sion 3.0.1
Python180
使用R语言进行协整关系检验

使用R语言进行协整关系检验

使用R语言进行协整关系检验协整检验是为了检验非平稳序列的因果关系,协整检验是解决伪回归为问题的重要方法。首先回归伪回归例子:伪回归Spurious regression伪回归方程的拟合优度、显著性水平等指标都很好,但是其残差序列是一个非平稳
Python190
Go语言有什么优势?

Go语言有什么优势?

GO语言的优势:可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编译的时候检查出来隐藏的大多数问题,动态语言的感觉就是有很多的包可以使
Python160
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须,可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。这个包里是
Python120
R包——maftools 可视化神器

R包——maftools 可视化神器

随着癌症基因组学的进步,突变注释格式(MAF)被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变体。 癌症基因组图谱项目对30多种不同的癌症进行了测序,每种癌症类型的样本量超过200种。由体细胞变体组成的结果数据以MAF格式形式存储。 只要数据采用MA
Python140
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat
Python160
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理观察结论:观察自己的两个数据表:table.legend 设置为T时会显示表格 本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成,没有用R中的拼图包​如何在差异基因V
Python90
R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python130
python有没有简单的遗传算法库

python有没有简单的遗传算法库

首先遗传算法是一种优化算法,通过模拟基因的优胜劣汰,进行计算(具体的算法思路什么的就不赘述了)。大致过程分为初始化编码、个体评价、选择,交叉,变异。以目标式子 y = 10 * sin(5x) + 7 * cos(4x)为例,计算其最大值
Python70
R语言:unifrac的计算

R语言:unifrac的计算

Unifrac是一个十分常用的衡量不同群落之间谱系结构差异的指标。在R语言中,计算unifrac的函数不只一种,不同函数之间有什么差别呢?本文目的就是对几个常用的计算unifrac的函数的使用方法做个记录。比较对象首先,每
Python140
GSVA自定义基因集分析

GSVA自定义基因集分析

已经很久没有再用R语言跑过数据了,最近有朋友需要跑GSVA,顺便重温了下R,现将内容分享如下。 GSVA全名Gene set variation analysis(基因集变异分析),是一种非参数,无监督的算法。与GSEA不同,GSVA
Python340
GO语言入门,有什么好的教程啊?

GO语言入门,有什么好的教程啊?

可以学习黑马程序员的这个教程20小时快速入门go语言:网页链接go语言的优势可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编
Python190