GO(Gene Ontology)Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇,后来广泛用于计算机领域,发挥了很重要的作用,再后来这个概念被引入生物领域。 gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物(果蝇、小2023-02-27Python130
r语言条形图怎样调整counts值ggplot2包可以用来绘图,其中的geom_text函数可以设置标签:library(plyr)library(ggplot2)library(scales)dtf <- data.frame(x = c("ETB&2023-02-27Python110
用topGO进行GO富集分析topGO是一个半自动的GO富集包,该包的主要优势是集中了好几种统计检验的方法,目前支持的统计方法如下:BiocManager::install('topGO')需要R的版本为>=2.10,但2023-02-27Python120
复现详解:纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt,把GSE112996_series_matrix.txt解压,得到如下两个文件,把这两个文件放到对应的project文件夹2023-02-27Python110
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里?1、简单易学。Go语言的作者本身就很懂C语言,所以同样Go语言也会有C语言的基因,所以对于程序员来说,Go语言天生就会让人很熟悉,容易上手。2、并发性好。Go语言天生支持并发,可以充分利用多核,轻松地使用并发。 这是Go语言最大的特点2023-02-27Python120
差异表达1|edgeR和DeSeq21. 过滤低表达的基因仅保留在两个样品或更多样本中CPM>1的基因CPM=Reads(total reads in the sample1,000,000)问题:会受到测序深度的影响 2. 选择一2023-02-27Python130
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里?1、简单易学。Go语言的作者本身就很懂C语言,所以同样Go语言也会有C语言的基因,所以对于程序员来说,Go语言天生就会让人很熟悉,容易上手。2、并发性好。Go语言天生支持并发,可以充分利用多核,轻松地使用并发。 这是Go语言最大的特点2023-02-27Python220
如何用r语言实现布丰投针问题?原文链接:http:tecdat.cn?p=13033介绍布丰投针是几何概率领域中最古老的问题之一。它最早是在1777年提出的。它将针头掷到有平行线的纸上,并确定针和其中一条平行线相交的可能性。令人惊讶的结果是概率与pi的值直接相2023-02-26Python120
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat2023-02-26Python130
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat2023-02-26Python110
R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法: org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型columns() :2023-02-26Python160
在用R语言编程中,界面上出现了“+”号,是什么意思?如何删除错误的输入,如何清屏?谢谢“+”标示语句没有闭合,比如在循环中,在分支中,或者写函数等,分多行都会有加号;直接键盘按Esc键退出就可以把+号去掉,恢复正常的编辑状态。清屏用快捷键Ctrl+L 就可以清除所有编辑的语句。例如;td<-function2023-02-26Python90
如何读取25q16cvsig的数据如何读取25q16cvsig的数据在R语言里面,有很多读取数据的方法。R能读文本文件,csv格式文件,通过RODBC包读取数据库数据等等。下面我介绍几种最基本的读取数据的方法!工具原料RStudio方法不管是读取数据还是写入,R都是在工作2023-02-26Python120
【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言: 仍然是三代测序数据的分析,宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图,用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。 1.读取数据 一共有11个样本,每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me2023-02-26Python110
R语言:ggplot主题包ggthemes参考: ggthemes: Extra Themes, Scales and Geoms for 'ggplot2' 输入数据 默认背景画图 常用背景1:theme_bw 常用背景2:t2023-02-26Python140
肖战在机场抱的娃娃叫什么肖战在机场抱的娃娃叫薯条布偶。肖战大家现在都非常熟悉了,因为饰演了魏无羡得到了大家的关注。其实肖战已经出道很多年了,但是一直以来都没有太高的人气,还是因为《陈情令》才得到大家的关注和喜爱。肖战抱的是薯条布偶,看起来非常可爱。不过哥哥看起来也2023-02-26Python290
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-26Python150
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat2023-02-26Python230
昂飞基因芯片ID_REF 如何与基因名称对应这是探针号,基因芯片是检测基因表达水平的工具,探针后面的数字是基因和探针杂交后,经过镭射处理的表达值,批量处理有很多软件可以使用,比如R语言bioconducror,具体你可以去bioconductor官网学习,里面有很多packages,2023-02-26Python140
Go语言os标准库常用方法GetwdGetenvChdir1. os.Getwd()函数 原型:func Getwd()(pwd string, err error) 作用:获取当前文件路径 返回:当前文件路径的字符串和一个err信息 示例: 输出:2023-02-26Python150