R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python150
R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python410
R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot

R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot

气泡图(Bubble Plot)就是由一个个像气泡元素组成的图,和普通的散点图不同,该图可以展示三维甚至四维信息,如下图: 点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height,气泡的大小代表了Age,颜色代表了不同个体。
Python180
R语言安装问题

R语言安装问题

安装的时候不要那么快的点“下一步”,仔细看看,会有提示让你选择语言的地方;应该就在最开始,点第三个‘下一步’之内;所有版本的安装过程都一样的,包含了各种语言,不要纠结于不同版本的exe了;下游分析 cellranger count 计算
Python110
Go语言有什么优势?

Go语言有什么优势?

GO语言的优势:可直接编译成机器码,不依赖其他库,glibc的版本有一定要求,部署就是扔一个文件上去就完成了。静态类型语言,但是有动态语言的感觉,静态类型的语言就是可以在编译的时候检查出来隐藏的大多数问题,动态语言的感觉就是有很多的包可以使
Python240
R语言read.table的问题

R语言read.table的问题

建议你明确地设定 header 参数。按照惯例,首行只有对应列的字段而没有行标签对应的字段。因此,它会比余下的行少一个字段。(如果需要在 R 里面看到这一行,设置 header = TRUE。)如果要读取的文件里面有行标签的头字段(可能是空
Python120
R语言 RStudio kohonen包 som函数

R语言 RStudio kohonen包 som函数

你是想要直方图还是polygon啊,polygon是多边形,直方图里不可能有多边形吧。hist只是柱状图hist(x),其中x是个vector,如x=c(1,2,3)你的CVS表格里的数据格式是怎么样的?根据提示的错误,应该是文件格式问题。
Python140
R|Affymetrix芯片分析(1)-affy

R|Affymetrix芯片分析(1)-affy

Affymetrix芯片储存着大量的生物信息学数据,因此有必要从实战出发的角度,汇总下Affymetrix芯片处理的流程。下面以GSE1438为例 常用的质量控制的指标: 平均数法、RLE、NUSE和RNA降解曲线根据以上指标综合决
Python130
做数据分析必须学R语言的4个理由

做数据分析必须学R语言的4个理由

做数据分析必须学R语言的4个理由R 是一种灵活的编程语言,专为促进探索性数据分析、经典统计学测试和高级图形学而设计。R 拥有丰富的、仍在不断扩大的数据包库,处于统计学、数据分析和数据挖掘发展的前沿。R 已证明自己是不断成长的大数据领域的一个
Python140
R语言作业-可视化30题

R语言作业-可视化30题

链接: http:www.bio-info-trainee.com4387.htmlairway数据集可视化,首先载入表达矩阵。学习链接:http:biotrainee.comjmzengmarkdownggplot
Python170
怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

基因测序分析微生物菌群结构 NA是什么意思微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之
Python140
0基础学go语言需要看哪些书?

0基础学go语言需要看哪些书?

我从Java开发转型go开发工程师的时候,也是从零开始学GO,当时没去买书,书太慢了也更枯燥。是去慕课网看的GO开发工程师体系课,学了一段时间感觉选择是对的,go有接近c的执行性能,又稳定高效!而且慕课网这门课做的也还不错,不仅学会了GO,
Python120
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里

1、学习曲线它包含了类C语法、GC内置和工程工具。这一点非常重要,因为Go语言容易学习,所以一个普通的大学生花一个星期就能写出来可以上手的、高性能的应用。在国内大家都追求快,这也是为什么国内Go流行的原因之一。2、效率Go拥有接近C的运行效
Python120
R语言中更改图的大小比例

R语言中更改图的大小比例

基础知识: 像素数:图片上的最小成像单位的数目。评价一个设备的像素值,一般使用宽高像素的乘积表示,如1000px * 1500 px 尺寸:指图像打印后的物理尺寸,一般用厘米米或者(英)寸表示,1英寸(inche)=2.54厘米
Python120
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1

下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat
Python100
R语言DESeq2基因差异表达分析

R语言DESeq2基因差异表达分析

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需
Python130