R语言作业-可视化30题

Python016

R语言作业-可视化30题,第1张

链接: http://www.bio-info-trainee.com/4387.html

airway数据集可视化,首先载入表达矩阵。

学习链接:

http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/ggplot-in-R.html

https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/top50ggplot.Rmd

对RNAseq_expr挑选MAD值最大的100个基因的表达矩阵绘制热图,对RNAseq_expr进行主成分分析并且绘图、进行差异分析并且绘制火山图、(平均值VS变化倍数)图。

绘制其中一个差异基因在两个分组的表达量boxplot并且添加统计学显著性指标。

通过org.Hs.eg.db包拿到RNAseq_expr所有基因的染色体信息,绘制染色体的基因数量条形图,在上面染色体的基因数量条形图并列叠加差异基因数量条形图。

在oncolnc网页工具拿到CUL5基因在BRCA数据集的表达量及病人生存资料自行本地绘制生存分析图。

获取表格步骤

在xena网页工具拿到CUL5基因在BRCA数据集的表达量及病人的PAM50分类并且绘制分类的boxplot。

画图还是蛮有趣的!!!

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