R语言绘制生存曲线图下图显示内置数据集colon,病人rx处理分为三组(下图第三列),对照组: Obs ,处理组一:Levamisole (Lev) ,处理组二: Levamisole + 5-fluorouracil (Lev+5FU) # loads2023-02-28Python150
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-28Python160
0基础学go语言需要看哪些书?我从Java开发转型go开发工程师的时候,也是从零开始学GO,当时没去买书,书太慢了也更枯燥。是去慕课网看的GO开发工程师体系课,学了一段时间感觉选择是对的,go有接近c的执行性能,又稳定高效!而且慕课网这门课做的也还不错,不仅学会了GO,2023-02-28Python100
R语言可视化通路富集网络图我们输入的数据包含 gene ID 和 vector(单样本)部分,这里的 gene ID 是一个通用概念,可以是基因、转录本、酶或蛋白质。这里的 vector 可以是样本的表达量、倍数变化, p-value, 组蛋白修饰数据等可测量的属2023-02-28Python190
r语言找不到对象geneexpr语言找不到对象geneexp,原因和解决方法如下。cor.test(x, ...)## Default S3 method:cor.test(x, y,alternative = c("two.sided", &quo2023-02-28Python100
r语言如何生成20个50维的数据如果用regress进行拟合的话,输出加上state,分别给出R方,F值和显著性。。 如果用的是其他拟合,R=corrcoef(T,Y),Y是原始数据,T是用你拟合后求得方程,用这个方程得到的数据下游分析 cellranger coun2023-02-28Python200
嵌套Venn图的绘制(R语言)如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多2023-02-27Python200
教你在线绘制circos图-简单!相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http:circos.ca)的2023-02-27Python180
GSEA基因富集分析R语言版官方github地址1.安装 library("devtools") install_github("GSEA-MSigDBGSEA_R") 2.查看说明文档 ??GSEA:2023-02-27Python130
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-27Python150
Go语言的特点类型 在变量名后边 也可不显式声明类型, 类型推断,但是是静态语言, name一开始放字符串就不能再赋值数字 方法,属性 分开方法名首字母大写就是就是外部可调的 面向对象设计的一个重要原则:“优先使用组合而不是继承”2023-02-27Python100
pvalue要不要四舍五入在R语言在生物信息学的实际应用中,常常需要添加p-value和显著性标记。很多同学对于添加P-value这个问题一直一知半解,殊不知,不同的类型添加P-value选择的方法也是不同的。本文将详细介绍如何通过ggpubr包为ggplot图添加2023-02-27Python140
R语言——将输出用为输入:结果的重用R可以将分析出的结果轻松保存,并作为进一步分析的输入使用 举例: 利用汽车数据mtcars执行一次简单的线性回归,通过车身重量(wt)预测每加仑行驶的英里数(mpg),执行数据,结果显示在屏幕上,不保存任何信息。 执行回归,在一2023-02-27Python170
R语言ggcorrplot包绘制相关性热图热图是科研论文中一种常见的可视化手段,而在转录组研究领域,我们常常需要分析一些基因与基因之间的相关性,来判断生物样本中是否存在共表达情况,以及共表达基因模块。除了基因集之间,其他方向,比如免疫细胞群体之间相关性,样本的相关性,也常常用相关性2023-02-27Python130
R语言 RStudio kohonen包 som函数你是想要直方图还是polygon啊,polygon是多边形,直方图里不可能有多边形吧。hist只是柱状图hist(x),其中x是个vector,如x=c(1,2,3)你的CVS表格里的数据格式是怎么样的?根据提示的错误,应该是文件格式问题。2023-02-27Python130
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-27Python190
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里1、学习曲线它包含了类C语法、GC内置和工程工具。这一点非常重要,因为Go语言容易学习,所以一个普通的大学生花一个星期就能写出来可以上手的、高性能的应用。在国内大家都追求快,这也是为什么国内Go流行的原因之一。2、效率Go拥有接近C的运行效2023-02-27Python110
你知道转座子的起源是什么吗?大家应该都记得孟德尔豌豆的黄圆绿皱吧?其中「皱」这个性状就和转座子有关,这个研究在1990年1月发表于《Cell》杂志「2」。我们当年再学高中生物的时候,一般把这个位点称为Rr, 它代表「皱」(rugosus), 它是隐形的,所以只有当两2023-02-27Python150
【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数前言: 在构建ceRNA 网络时,需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene(pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢? 2.获得mRNA的表达矩阵 4个基因在100个样本的表达量矩阵: 32023-02-27Python150
R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表2023-02-27Python150