2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat2023-02-25Python210
RNA-seq分析(三)DESeq2R语言数据类型 :向量(vector);列表(list);矩阵(matrix);数组(array);因子(factor);数据框(data.frame) 详细介绍可参考R 数据类型 | 菜鸟教程 (runoob.com)2023-02-25Python420
10X单细胞空间联合分析揭示了受不同基质细胞群调节的follicle发育scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱 scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-1 scATAC:人类基因组的染色质可及性图谱-2results3: An atlas of cCREs in adult human ce2023-02-25Python170
r语言randomforest包下载不了原因:1.可能因为lib没有制定文件夹,导致R不知道下载哪里;2.可能因为源用不了(一个是没有在global option里面选择,一个是因为开了vpn)解决:#.libPaths("C:UsersyeziguniangDo2023-02-25Python100
基于R语言的分类、聚类研究1.所有在对iris数据集分(聚)类研究中,setosa均可以完全正确分(聚)类,而另外两类则会出现不同程度的误差,这也是导致整个研究模型出现误差的原因; 2.在使用的三种分类研究方法中,决策树模型的效果最优,因此可以使用该方法进行鸢尾2023-02-25Python180
拟时序分析单细胞测序可以检测一块组织中每个细胞的转录组情况,但其实一块组织中存在着不同发育状态的细胞,因此通过基因的表达情况我们可以了解一些细胞的发育状况和细胞转化的过程,目前为止做拟时序的软件就有monocle,velocity 等等,在这里我们对2023-02-25Python380
多元统计学-聚类分析1. 应用统计学与R语言实现学习笔记(十)——聚类分析 ) 2. 厦门大学-多元统计分析3. DBSCAN 密度聚类法4. 四大聚类算法(KNN、Kmeans、密度聚类、层次聚类)俗话说,物以类聚,人以群分。聚2023-02-25Python240
三菱plc怎么和威纶触摸屏通信?要想实现三菱plc和威纶触摸屏通信的通信其实很简单,步骤如下:1、打开威纶软件;2、单击“编辑”——系统参数;3、在弹出的对话框名称中输入“三菱型号”;4、并勾选下面的“PLC”,选择好PLC类型;5、用通讯线联机即可实现通讯。三2023-02-25Python90
R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)原文: R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)====================================== 在前一章(TCGA生存分析)中,我们描述了生存分析的基本概念以及分析和总结生存数据的方法,包括:1.2023-02-24Python170
如何用c语言编生命游戏程序写了这么多,记得追点分啊~~~~~`这个问题分解为两部分1、用什么方式表示某时刻有哪些细胞是活的一种简单的想法是用一个二位数组将某时刻所有的细胞的状态都记录下来,不过这样的内存开销太大,同时又给细胞网格设定了界限,而且效率也并不高比较好的做2023-02-24Python200
C语言细胞分裂问题每次分裂得到的细胞数:前次细胞数+3的(分裂次数)次方,而3的n次方可以用累乘得到11+31+12=1+3*1+3*3=1+3+91+3+9+9*3=1+3+9+271+3+9+27+27*3=1+3+9+27+81...#include&2023-02-24Python370
多元统计学-聚类分析1. 应用统计学与R语言实现学习笔记(十)——聚类分析 ) 2. 厦门大学-多元统计分析3. DBSCAN 密度聚类法4. 四大聚类算法(KNN、Kmeans、密度聚类、层次聚类)俗话说,物以类聚,人以群分。聚2023-02-24Python280
单细胞数据分析中的秩和检验与t检验在单细胞数据分析的过程中,寻找差异基因的过程需要用到对基因统计的假设检验(例如函数FindAllMarkers中的test.use参数),我们这里来深入了解一下假设检验的方法和应用环境。 秩和检验适用于广泛的统计学环境,秩和检验是检验2023-02-24Python170
CELL是什么CELL是单元数组(Cell Array)将类型不同的相关数据集成到一个单一的变量中,使得大量相关数据的引用和处理变得简单方便;需要注意的是,单元数组仅仅是承载其他数据类型的容器,大部分的数学运算只是针对其中的具体数据进行的,而非针对单元数2023-02-24Python190
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat2023-02-24Python230
实验记录3:用R包Seurat进行QC、PCA分析与t-SNE聚类参考网站: https:satijalab.orgseuratpbmc3k_tutorial.html(注意!!!现在这个网站会自动跳转到3.0版本) Seurat的安装:R中运行install.packages(&q2023-02-24Python260
R语言pheatmap包绘制热图pheatmap包的运用极为广泛,这里只介绍我常用的参数模型,仅供参考。pheatmap包的安装 使用 常见报错 一篇论文需要有自己的亮点。《拉丁美洲研究》编辑委员Fiona Macaulay曾经说过:“ 不要把你2023-02-24Python190
方差分解分析 (VPA):定量不同环境因子对群落变化的解释比例这篇微文写的非常棒,因此转发至自己的智库中,以便日后学习。 衷心的感谢每一位知识的奉献者。。。。VPA ,全称Variance Partitioning Analysis,中文成为方差分解分析,该分析的目的是 确定指定的环境因子对群落结构变2023-02-24Python1170
R语言中 .rds 是什么文件?如何运用。R语言中如何删除数据对象首先需要打开R studio,新建文件脚本,【File】——【New Script】。然后会发现,global environment这里之前代码留下的数据集非常麻烦,清除方法如下:首先,写入 rm(A),即可清除相2023-02-24Python190
生物信息学中GO是什么意思GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)2023-02-24Python240