单细胞测序(sc-RNA seq)分析:Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家。雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代,天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了,你还不会2023-02-24Python210
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat2023-02-24Python190
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随机对照研究中怎样利用r语言对数据进行校正产生随机数有两个函数,他们是 runif(),rnorm()举例:runif(10,min=0,max=1) #产生10个最小值为0,最大值为1的随机数[1] 0.23848237 0.44347367 0.59288350 0.586682023-02-24Python140
柔美的细胞君柔美和谁在一起了?柔美的细胞君大结局柔美和芭比在一起了。芭比在和女友分手后立马喜欢柔美是渣男的话,那巨熊和女友热恋时至少没看出有巨大问题时关心女主购买女主作品是什么行为?双标也别玩的这么六啊。如果没问题的话那女友来的时候直接说就行,何必扔书呢。在作者闭关之2023-02-24Python240
单细胞测序的设计与分析缩略词表: fluorescence-activated cell sorting (FACS) —— 流式细胞荧光分选技术 whole-genome amplification (WGA)—— 全基因组扩增技术 multipl2023-02-24Python140
r语言中既有分类变量也有连续变量可以建什么模型来预测因变量(具体数据)?一般线性回归和logsitic回归都是可以的。这关键得看你的因变量,如果因变量是连续型变量,你就用一般线性回归建模,分类的自变量也是可以通过哑变量处理的;如果因变量是分类变量那就用logistic回归建模。下游分析 cellranger2023-02-24Python170
SingleR || 单细胞细胞类型定义工具近年来,单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的研究进展使疾病模型中描述基因表达变化(gene expression )的精度达到了前所未有的水平。目前已发展出多种单细胞分析方法来检测基因表达的变化,并通过基因表达的相似性来聚类细胞。2023-02-23Python100
复现详解:纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt,把GSE112996_series_matrix.txt解压,得到如下两个文件,把这两个文件放到对应的project文件夹2023-02-23Python200
教你在线绘制circos图-简单!相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http:circos.ca)的2023-02-23Python140
R语言面向对象对事物越了解,就能够越好的驾驭这种事物。 R语言有四种面向对象的系统,一般而言,使用其中最简单的一种就已经足够了。 本文介绍S3,和S4的使用 S3是R中第一个,也是最简单的oo系统,S3不是非常正式,但是其保有一种极简主义的优2023-02-23Python190
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-23Python460
lstm和gru结构的再理解我看大部分介绍rnn的文章里面都只画了cell的图,但是这对一个刚入门的人来说是会造成很大的误解,而正确的介绍方法应该先介绍rnn的总体结构,然后再介绍cell的结构。这才有可能对rnn有一个更清晰的认识。 我们在网上多是看到这样的图2023-02-23Python160
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R语言,求指出错误你可以打开islands这个内置的数据库,>islands里面根本没有你的变量Sepal.Length和Islands,怎么画图。你可以看看手册上的范例:boxplot(count ~ spray, data = InsectS2023-02-23Python170
柔美的细胞君演员表《柔美的细胞君》是由金高银主演的一部韩剧,该剧主演员表如下:1、柔美 金高银饰演身份:无法摆脱“无趣”束缚的普通上班族2、具雄 安普贤饰演身份:游戏开发者,性格直率3、刘巴比 朴珍荣饰演身份:柔美的第二个男朋友,公司2023-02-23Python170
R语言作业-统计30题链接: http:www.bio-info-trainee.com4385.html我做题的时候主要翻阅学习了《R语言实战》里统计相关内容。 需要掌握R内置数据集及R包数据集 鸢尾花(iris)数据集,包含150个鸢尾2023-02-23Python140
R package:Seurat 理解S4类以PBMC数据集进行探索 Seurat通过CreateSeuratObject函数创建对象后,将我们导入的UMI count原始稀疏矩阵储存在pbmc@assays[["RNA"]]@counts,此外Seurat自2023-02-23Python160
CLS是什么意思?1.清屏幕命令(CLS,CLear Screen)功能:清除屏幕上的所有显示,光标置于屏幕左上角C语言中用system("CLS"),在TC、VC中都能起到清屏的效果。要使用头函数“stdlib.h” 。但在TC环境下也2023-02-22Python150
2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果,如果需要进一步分析聚类细胞,还需要进行下游分析,这里使用官方推荐 R 包(Seurat 3.0) 流程参考官方外周血分析标准流程( https:sat2023-02-22Python100