r包bsseq怎么得到getmeth和granges信息

Python014

r包bsseq怎么得到getmeth和granges信息,第1张

BSgenome和BSgenome数据包

Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包,这些数据包是基于Biostrings构建的,称为BSgenome数据包。不同物种的BSgenome数据包都有类似的数据结构,可以用统一的方式进行处理。但是BSgenome数据包仅包含有数据,它们的处理的方法由另外一个软件包提供,即BSgenome包。

先安装BSgenome包(如果没有安装):library(BiocInstaller)

biocLite("BSgenome")

载入BSgenome包,并查看当前版本提供的BSgenome数据包:library(BSgenome)

(ag <- available.genomes())

Action所设置的是提交请求,而method是提交机制

提交机制有两种:一就是刚才的post,还有一种是get,两种传递机制不一样,前者在传递过程中是看不到传输的值的,即是封闭的,而后者是可以看到传递的值,即拼接在URL地址之上.

action可以是相对地址也可以是绝对地址,比如:action=""就表示提交请求就是当前页面这个地址

音节单词的音节划分方法可归纳为“两分手。一归前或一归后”。这是在1991年,我从杭州的长征中学年轻的英语教师 Ms.郑洁那里听到的一句“民谚”。

1.“两分手”是指:当两个元音之间有两个辅音字母时,将两个辅音字母划分在前后两个音节里。具体细节以及读音特点,分别介绍如下:

1a. 当两个辅音字母相同(包括字母 r),且重读音节在第一个音节:

better 划分成 bet ter carry 划分成 car ry

yellow 划分成 yel low borrow 划分成 bor row

millet小米 划分成 mil let little 划分成 lit tle

第一个音节的元音按照“短元音”读,但是相邻的那一个辅音字母没有读音。注意:字

母 l, r在非重读音节中,有时起元音的作用。譬如在单词 little, acre英亩 中。

1b. 带前缀的单词,有时也有两个相同的辅音字母(包括字母 r),如:

attack划分成at tack arrive划分成 ar rive

attend 划分成 at tend correct划分成 cor rect

effect划分成 ef fect support划分成 sup port

这样的单词,第一个音节是“非重读音节”,元音一般读“含糊元音”。

Note:“含糊元音”= slurred vowel, 即 IPA 中的“反e” 。

1c. 当两个辅音字母不同(不包括字母 r)时:

sister 划分成 sis ter window 划分成 win dow

system 划分成 sys tem publish 划分成 pub lish

milky 划分成 mil ky silver 划分成 sil ver

第一个音节的元音按照“短元音”读,相邻的辅音字母有读音。

建议读者将 milky 的读音与 "millet小米" 的读音相比较;

将 silver 的读音与 "silly愚蠢的" 的读音相比较。

1d. 当两个辅音字母不同,并且第一个辅音字母为 r 时:

market 划分成 mar ket dirty 划分成 dir ty

certain 划分成 cer tain forty 划分成 for ty

surface 划分成 sur facepurple 划分成 pur ple

第一个音节的元音按照“-r 音节”的读音读。

注意:一些不允许“两分手”的情况,有:

a. 辅音字符 th, sh, ch, ck, tch 等,是不允许分割的。如:

fa theroth ercash ierma chine pock et

meth odmoth er fash ionre chargebutch er

b. 各种辅音连缀,如 cr, pr, bl, fl, 等,也是不允许分割的。这样的单词有:

April 只能划分成 A pril secret 只能划分成 se cret

apron只能划分成 a pron sacred 只能划分成 sa cred

包括带前缀的一些单词,如 degree, across, agree, afraid 等。

2.“一归前或一归后”是指:当两个元音之间只有一个辅音字母时,有时将这个辅音字母划分在前面的音节里,有时划分在后面的音节里。

2a. 先说“一归后”的情况。在有些单词中是对的。如:

open 划分成 o pen able 划分成 a ble

even 划分成 e vennation 划分成 na tion

fever 划分成 fe ver unit 划分成 u nit

tiny 划分成 ti nystudent 划分成 stu dent

显然,第一个音节的元音按照“开音节”读。

2b. 带有以元音结尾的前缀的单词,自然是属于“一归后”的。如:

begin 划分成 be ginrepeat 划分成 re peat

decide 划分成 de cide return 划分成 re turn

prepare 划分成pre pare repair 划分成 re pair

重读音节在第二个音节,其元音按照第二章中的诸多规则读音。

2c. 再看“一归前”的情况。在有些单词中也是对的。如:

city 划分成 cit y minute 划分成 min ute

study 划分成 stud y second 划分成 sec ond

travel 划分成 trav el never 划分成 nev er

显然,第一个音节的元音按照“短元音”读。

另外请注意,字母 x 永远是划归第一个音节的。并且第一个音节读“短元音”。如:

taxi划分成 tax i exit 划分成 ex it

鉴于“一归后”、“一归前”两种情况都存在,所以需要细致地对待这个“民谚”。

我不是英语专业,但我在国外住了多年,慢慢学到如何看字发音,不用查音标,而读的八九不离十。基本上英文的音节一定要有母音。所以你在划分音节时,应先找出母音。母音找到后,再决定和她配套的子音。有时候是前后各一个,比如说'normal'-两个音节,母音前后各有一个子音;有时候只有前面有子音,如'lazy', 'crazy','a'前面各有一个或两个子音;有时候是后面接两个子音,比如说'payment'-第二个音节的母音前有一个子音,后有两个子音。母音可以自成音节,如'asleep'的'a',但子音不行。但要掌握这种所谓“自然发音法”,很重要的是要熟悉英文的发音规则。你要能看到字母时,就知道发什麼音。美国小孩一开始学的phonetics,就是学什麼字母发什麼音,那些字母在一起要发什麼音。基本上和音标系统是一样的,只是他们直接记住字母而不需要再另外记一个符号系统。此外,任何规则都有例外,多读多学单字之后,自然就通达了。

P.S. 我再补充一下,一旦你熟悉英文的发音规则,你自然能划分音节。比如说,'dignity'-尊严,你自然会把它念成[dig'ni'ty],而不会念成[di'gni'ty],因为你知道这不符合发音规则。又如'lobster'-龙虾,你会念成〔lob'ster],而不是[lo'bster],一样的道理。至於重音,那纯粹是经验谈。有一些规则可寻,比如[-'tion], ['o-grapy]等,但例外太多。你感觉规则太多,其实就是没有什麼规则可循。欧洲人常报怨英文难学,发音完全没有规则,不是没有道理的。比起拉丁语系语言,英文发音是太没有规则了。比照老外的学习条件,其实就是多听多读多学。累积了一定的词汇,你自己可以体会出一套规则。多学习单字,胜过去死记

那些规则。