复现详解:纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt,把GSE112996_series_matrix.txt解压,得到如下两个文件,把这两个文件放到对应的project文件夹2023-02-25Python150
R语言进行相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象(样品或处理组)之间使用距离分析,而元素(物种或2023-02-25Python160
R语言进行相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象(样品或处理组)之间使用距离分析,而元素(物种或2023-02-25Python110
R语言实用案例分析-相关系数的应用R语言实用案例分析-相关系数的应用在日常工作中,经常会存在多个变量之间存在关联关系,比如学习数学好的同学,物理成绩可能也比较高。在公司中外貌和讨人喜欢的关系往往也比较大,在人事招聘过程中,如果想要更加综合的评价某个人,需要把相关系数比较高的2023-02-25Python170
R语言相关性分析1. R语言自带函数cor(data, method=" ")可以快速计算出相关系数 ,数据类型:data.frame 如data.frame为:zz, 绘图如下:a. single protein:线性2023-02-25Python170
R语言计算两组数据变量之间相关系数和P值的简单小例子比如Horticulture Research中的论文 Comparative analysis of long noncoding RNAs in angiosperms and characterization of long2023-02-24Python130
文本相似度算法TF是指归一化后的词频,IDF是指逆文档频率。给定一个文档集合D,有d1,d2,d3,......,dn∈D。文档集合总共包含m个词(注:一般在计算TF−IDF时会去除如“的”这一类的停用词),有w1,w2,w3,......,wm∈W。2023-02-24Python150
如何用R语言进行相关系数与多变量的meta分析本文第一大部分将介绍用R软件的meta分析数据包实现相关系数的Meta分析,第二大部分如何用R语言进行多变量的meta分析。 想获取R语言相关系数meta分析的程序模板的同学请在公众号(全哥的学习生涯)内回复“相关系数”即可。 me2023-02-24Python340
全基因组关联分析(GWAS)的计算原理关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒2023-02-24Python160
R语言进行相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象(样品或处理组)之间使用距离分析,而元素(物种或2023-02-24Python290
R语言绘图包06--基因表达相关性绘图corrplotR语言绘图包系列: 参数 参考:https:cran.r-project.orgwebpackagescorrplotvignettescorrplot-intro.html https:mp.weixin.qq.2023-02-24Python220
R语言分组箱线图添加显著性标记简单小例子最终出图如下 这里自动做统计检验的函数是stat_compare_means()读入数据 作图 这个函数来自于ggpubr这个包,只需要指定根据那一列来分组就可以了 默认的是Wilcoxon Rank Sum2023-02-24Python250
R语言中 关于求一个矩阵的相关系数的问题analyze-correlate-bivariate-选择变量ok输出的是相关系数矩阵相关系数下面的sig.是显著性检验结果的p值,越接近0越显著。另外,表格下会显示显著性检验的判断结果,你看看表格下的解释就知道,比如“**.correl2023-02-24Python110
【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数前言: 在构建ceRNA 网络时,需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene(pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢? 2.获得mRNA的表达矩阵 4个基因在100个样本的表达量矩阵: 32023-02-24Python190
R语言进行相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象(样品或处理组)之间使用距离分析,而元素(物种或2023-02-24Python280
怎么用r语言进行dna序列分析有现成的包:matchprobes包 里面有个函数basecontent(seq)计算4中碱基每种的含量;自己做的话:#List是你的序列 unlist(strsplit(List,""))->sep.let2023-02-24Python870
如何用R语言进行相关系数与多变量的meta分析本文第一大部分将介绍用R软件的meta分析数据包实现相关系数的Meta分析,第二大部分如何用R语言进行多变量的meta分析。 想获取R语言相关系数meta分析的程序模板的同学请在公众号(全哥的学习生涯)内回复“相关系数”即可。 me2023-02-24Python260
R语言相关性分析图。想知道怎么分析这些数据?框内的数字是行变量和列变量之间的相关系数R,相关系数R绝对值越大,颜色越深(红正,蓝负)。统计学中,P值越小相关性越显著,一般来说 一个*代表显著相关(P值为0.01,选取不同参数可能不一样)、两个**代表极显著相关(P值为0.001)、三2023-02-24Python250
R语言-第一次用RStudio 画热图作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。2023-02-24Python210
R语言进行相关性分析相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象(样品或处理组)之间使用距离分析,而元素(物种或2023-02-24Python250