R语言DESeq2基因差异表达分析

R语言DESeq2基因差异表达分析

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需
Python230
用了广义差分法后,还是自相关怎么办?

用了广义差分法后,还是自相关怎么办?

基本方法是通过差分变换,对原始数据进行变换的方法,使自相关消除.一,差分法,一阶。设Y对x的回归模型为Yt=β1+β1xt+μt(1)μt=ρμt-1+vt式中, vt满足最小平方法关于误差项的全部假设条件。将式(1)滞后一个时期,则有Yt
Python130
R语言-第一次用RStudio 画热图

R语言-第一次用RStudio 画热图

作业 读取文件用得比较多的参数有: “header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。
Python150
R包vegan的Mantel tests

R包vegan的Mantel tests

R包vegan的Mantel testsMantel tests是确定两组距离测度矩阵(而非两组变量矩阵)之间相关性的相关性测试方法,用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵中的样本距离是否相关。Mantel tests零假设为响
Python180
R语言相关性分析

R语言相关性分析

1.  R语言自带函数cor(data, method=" ")可以快速计算出相关系数 ,数据类型:data.frame  如data.frame为:zz, 绘图如下:a. single protein:线性
Python400
R语言进行相关性分析

R语言进行相关性分析

相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象(样品或处理组)之间使用距离分析,而元素(物种或
Python230
R语言相关性分析函数2021.3.10

R语言相关性分析函数2021.3.10

相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性的元素之间需要存在一定的联系或者概率才可以进行相关性分析。简单来说就是变量之间是否有关系。用正负号表示正相关还是负相关,数值(一般都在-1到1
Python150
R语言长时间序列栅格数据之逐像素相关性分析

R语言长时间序列栅格数据之逐像素相关性分析

假设有两组栅格数据,一组代表2019年中国每月降雨量,一组代表2019年中国每月植被叶面积指数(LAI)。想要得到中国月降水量与LAI的相关性分布,那么需要对两组栅格数据对应的栅格点进行逐栅格的相关性分析。 将降水数据导入栅格栈中,这个
Python170
dw检验临界值表怎么查

dw检验临界值表怎么查

dw检验临界值表查看方法为:1、r=0,就是近似于2的DW值表示残差不存在相关性。2、r&gt0,就是接近0的DW值表示正相关。3、r回答于 2022-12-02dw检验残差是存在序列相关性。通过DW值是判断残差是否存在自相关的,
Python190
如何用R做向量自回归模型

如何用R做向量自回归模型

请问如何用R做向量自回归模型(VAR)要实现以下的几个步骤,数据集已经有了,请高手们可以介绍下相关的函数吗?halfyear_vector=data.frame(hsi_ir_h_ts,cenlhkl_ir_h_ts,m2_h_ts,ue_
Python200
R矢量地图栅格化(将shapefile转换成raster)

R矢量地图栅格化(将shapefile转换成raster)

在处理地图数据时候,经常会碰到 shp 与 raster 两种格式。通常r中应用较多的为raster栅格数据。shp文件太大,读取也不方便。逐渐被 GeoJSON 替代,用sf去处理与读取。 R在读取shp时候,处理,或者画图都会碰到,
Python120
R矢量地图栅格化(将shapefile转换成raster)

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在处理地图数据时候,经常会碰到 shp 与 raster 两种格式。通常r中应用较多的为raster栅格数据。shp文件太大,读取也不方便。逐渐被 GeoJSON 替代,用sf去处理与读取。 R在读取shp时候,处理,或者画图都会碰到,
Python170
R语言进行相关性分析

R语言进行相关性分析

相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程度。一般来讲研究对象(样品或处理组)之间使用距离分析,而元素(物种或
Python110
如何在R中实现对空间面板数据的LM检验

如何在R中实现对空间面板数据的LM检验

在我认知范围内,多重共线性问题一直不是计量里的什么大问题,回归之前看看各变量之间的相关系数基本就可以确定是否需要进一步检验了,线性相关性比较高,那就直接剔除吧!异方差检验我也没有做过,我一般直接就用稳健标准差,从来不用一般标准。相关性检验R
Python500
python计算多个数组的相关性

python计算多个数组的相关性

线性相关:主要采用皮尔逊相关系数来度量连续变量之间的线性相关强度;线性相关系数|r| 相关程度0&lt=|r|&lt0.3 低度相关0.3&lt=|r|&lt0.8 中度相关0.8&lt=|r
Python110