《数量生态学:R语言的应用》第二版第三章-关联测度与矩阵------Q模式生态学涉及多元统计方法,特别是排序和聚类,都是明确或不明确地基于所有可能对象或者变量之间的比较。这些比较通常采用关联测度(association meansures)(常称为系数或者指数)的形式,不管是样方还是变量之间的比较都是基于他2023-04-30Python180
R语言|绘制稀释曲线alpha多样性指数的大小是与使用的ASVOTU表的抽平深度有关,为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线,可绘制稀释曲线(rarefaction curve),这是生态领域的一种常用方法。 稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定2023-04-29Python330
《数量生态学:R语言的应用》第二版第三章-关联测度与矩阵------Q模式生态学涉及多元统计方法,特别是排序和聚类,都是明确或不明确地基于所有可能对象或者变量之间的比较。这些比较通常采用关联测度(association meansures)(常称为系数或者指数)的形式,不管是样方还是变量之间的比较都是基于他2023-04-29Python190
如何在R语言中使用Logistic回归模型logit=glm(y~x1+x2,data=data,family=binomial(link='logit'))glm表示广义线性回归,data表示y,x1,x2所在的数据集,family中的link用来选择回归类型2023-04-29Python160
如何用r语言rsnns包建立神经网络不能发链接,所以我复制过来了。#载入程序和数据 library(RSNNS) data(iris)#将数据顺序打乱 iris <- iris[sample(1:nrow(iris),length(1:nrow(iris))),12023-04-28Python460
如何在R语言中进行神经网络模型的建立不能发链接,所以我复制过来了。#载入程序和数据 library(RSNNS) data(iris)#将数据顺序打乱 iris <- iris[sample(1:nrow(iris),length(1:nrow(iris))),12023-04-28Python140
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-04-28Python220
R语言常用函数(基本)vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量 character;字符型向量 list:列表data.frame:数据框 c:连接为向量或列表 sequence:等差序列 rep:重复 length2023-04-25Python200
在R软件中的FD包都包含哪些函数怎么用?方法有很多,提供以下几种方式,请参考:1.使用本机市场进行2.使用功能表中自带的浏览器上网,直接搜索需要的进行安装3.使用电脑apk格式的安装包,连接数据线传输至,操作在应用程序-我的文件中找到。一般植物功能特征被划分为3类:一是植物形态特2023-04-24Python230
16s—α多样性分析(R画箱线图)α多样性分析是反映生态系统内物种的多样性,包括 丰富度 和 均匀度 的综合指标。 丰富度:物种类别的多少,越丰富多样性越高。 均匀度:不同物种的数目均匀程度,越均匀多样性越高。1、Chao指数: 是用chao1 算法估计群落2023-04-20Python210
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-04-16Python190
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-04-13Python200
R语言 RDA分析(去冗余物种)也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上2023-04-11Python190
如何在R语言中进行神经网络模型的建立不能发链接,所以我复制过来了。#载入程序和数据 library(RSNNS) data(iris)#将数据顺序打乱 iris <- iris[sample(1:nrow(iris),length(1:nrow(iris))),12023-04-11Python180
R语言 RDA分析(去冗余物种)也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上2023-04-10Python170
基因家族分析之orthofinder后续结果的R分析基因树更多的美化处理工作可以参考博文《在R中绘制进化树:ggtree学习笔记》。 链接为 http:blog.sciencenet.cnhome.php?mod=space&uid=255662&do=blo2023-03-30Python140
R计算功能多样性— functional diversity (FD)一般植物功能特征被划分为3类:一是植物形态特征, 包括生长型、生活型、植株高度等;二是植物生殖特征,包括传粉方式、扩散方式、种子重量等;三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[30].为研究中包括的每个物种创建一个定性和或定量性状的2023-03-21Python200
如何在R语言中使用Logistic回归模型logit=glm(y~x1+x2,data=data,family=binomial(link='logit'))glm表示广义线性回归,data表示y,x1,x2所在的数据集,family中的link用来选择回归类型2023-03-12Python160
R 语言计算生态位指数生态位宽度(Bi)采用Colwell等(1971)加权修正的Levins指数 式中,Bi为物种i的生态位宽度值,其范围在[0-1]之间,值越大说明该物种生态位宽度越宽;Pij为物种i在第j资源状态下的个体数占该种所有个体数的比例,r为资2023-03-10Python180
如何用r语言进行多重共线性检验就是你之前一个无限制模型(Unrestricted Model)的那个对象(object),比如题主这里举例说可以是: lm.test<-lm(y~X1+X2+X3,data=D).这个model就是lm.test这个线性回归对2023-03-10Python210