R语言|绘制稀释曲线

R语言|绘制稀释曲线

alpha多样性指数的大小是与使用的ASVOTU表的抽平深度有关,为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线,可绘制稀释曲线(rarefaction curve),这是生态领域的一种常用方法。 稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定
Python330
R语言常用函数(基本)

R语言常用函数(基本)

vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量 character;字符型向量 list:列表data.frame:数据框 c:连接为向量或列表 sequence:等差序列 rep:重复 length
Python200
在R软件中的FD包都包含哪些函数怎么用?

在R软件中的FD包都包含哪些函数怎么用?

方法有很多,提供以下几种方式,请参考:1.使用本机市场进行2.使用功能表中自带的浏览器上网,直接搜索需要的进行安装3.使用电脑apk格式的安装包,连接数据线传输至,操作在应用程序-我的文件中找到。一般植物功能特征被划分为3类:一是植物形态特
Python230
16s—α多样性分析(R画箱线图)

16s—α多样性分析(R画箱线图)

α多样性分析是反映生态系统内物种的多样性,包括 丰富度 和 均匀度 的综合指标。 丰富度:物种类别的多少,越丰富多样性越高。 均匀度:不同物种的数目均匀程度,越均匀多样性越高。1、Chao指数: 是用chao1 算法估计群落
Python210
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python190
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python200
R语言 RDA分析(去冗余物种)

R语言 RDA分析(去冗余物种)

也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上
Python190
R语言 RDA分析(去冗余物种)

R语言 RDA分析(去冗余物种)

也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上
Python170
R计算功能多样性— functional diversity (FD)

R计算功能多样性— functional diversity (FD)

一般植物功能特征被划分为3类:一是植物形态特征, 包括生长型、生活型、植株高度等;二是植物生殖特征,包括传粉方式、扩散方式、种子重量等;三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[30].为研究中包括的每个物种创建一个定性和或定量性状的
Python200
R 语言计算生态位指数

R 语言计算生态位指数

生态位宽度(Bi)采用Colwell等(1971)加权修正的Levins指数 式中,Bi为物种i的生态位宽度值,其范围在[0-1]之间,值越大说明该物种生态位宽度越宽;Pij为物种i在第j资源状态下的个体数占该种所有个体数的比例,r为资
Python180
如何用r语言进行多重共线性检验

如何用r语言进行多重共线性检验

就是你之前一个无限制模型(Unrestricted Model)的那个对象(object),比如题主这里举例说可以是: lm.test&lt-lm(y~X1+X2+X3,data=D).这个model就是lm.test这个线性回归对
Python210