R语言DESeq2基因差异表达分析

R语言DESeq2基因差异表达分析

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需
Python160
R语言DESeq2基因差异表达分析

R语言DESeq2基因差异表达分析

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需
Python90
R语言 排序 次条件

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使用R包dplyr的函数arrange更简单,更简洁:#多条件排序:使用dplyr::arrangelibrary(dplyr)data("iris")head(iris)#第一列升序,然后是第三列升序arran
Python110
GO(Gene Ontology)

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Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇,后来广泛用于计算机领域,发挥了很重要的作用,再后来这个概念被引入生物领域。 gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物(果蝇、小
Python130
richness是什么意思

richness是什么意思

richness[英][ˈrɪtʃnəs][美][ˈrɪtʃnəs]n.丰富富裕浓烈富饶 例句:1.A firm can create desirable images and associations by designing a pac
Python150
R 语言计算生态位指数

R 语言计算生态位指数

生态位宽度(Bi)采用Colwell等(1971)加权修正的Levins指数 式中,Bi为物种i的生态位宽度值,其范围在[0-1]之间,值越大说明该物种生态位宽度越宽;Pij为物种i在第j资源状态下的个体数占该种所有个体数的比例,r为资
Python120
R语言|绘制物种累计曲线

R语言|绘制物种累计曲线

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python170
R 语言计算生态位指数

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生态位宽度(Bi)采用Colwell等(1971)加权修正的Levins指数 式中,Bi为物种i的生态位宽度值,其范围在[0-1]之间,值越大说明该物种生态位宽度越宽;Pij为物种i在第j资源状态下的个体数占该种所有个体数的比例,r为资
Python120
R语言|绘制物种累计曲线

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物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,
Python150
【R画图】环形热图

【R画图】环形热图

热图(heatmap)在生信领域基本就是常规操作,基本技能,入门操作。能画热图的工具也有很多,我自己常用的R包是pheatmap。 最近经常看见环状的热图,所以就搜了一下资料学习一下,测试一下。环状热图我也经常会在论文中看到,用法和热图
Python230
R语言画生存曲线怎么标注相对危险度

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1、首先用Excel做好数据的统计,将数据整理成每个个体生存天数的形式,并将每个个体均定义为1。2、打开GraphPadPrism后,选择Survival,选择图形类型和结果的显示方式,Fraction是以分数形式显示,Percents是以
Python110
【R画图】环形热图

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Python140