16s—α多样性分析(R画箱线图)

Python022

16s—α多样性分析(R画箱线图),第1张

α多样性分析是反映生态系统内物种的多样性,包括 丰富度 和 均匀度 的综合指标。

丰富度:物种类别的多少,越丰富多样性越高。

均匀度:不同物种的数目均匀程度,越均匀多样性越高。

1、Chao指数: 是用chao1 算法估计群落中含OTU 数目的指数,chao1 在生态学中常用来估计物种总数,由Chao (1984) 最早提出。

2、Ace指数: 用来估计群落中含有OTU 数目的指数,是生态学中估计物种总数的常用指数之一,与Chao1的算法不同。

Chao和Ace越大,说明群落中含有的OTU数目越多,群落的丰富度越大。

1、Simpson指数: 是生态学中常用的一个指数,它反映的是 优势种在群落中的地位和作用 ,若一个群落中优势种占的多,其他非优势物种所占的比例则会减少,那么Simpson 指数值较大,这说明群落多样性较低,该指数与其他多样性指数均呈 负相关 。

2、Shannon指数: 用来估算样品中微生物的多样性指数之一。它与Simpson 多样性指数均为常用的α多样性的指数。Shannon值越大,说明群落多样性越高(包括丰富度和均匀度)。

3、Coverage: 是指各样品文库的覆盖率,其数值越高,样本中序列没有被测出的概率越低。该指数反映了测序结果是否代表样本的真实情况。

如果已经安装了就可以跳过这部分。

(faith-pd也是一个反映种群丰富度的指数)

PD score(phylogenetic diversity):PD score是结合OTUtable和OTU tree一同计算的。考虑到了样本在进化树上的分布。一个OTU的来源越复杂,其PD score越高。来自进化树上不同的地方越多,其PD score越高。

参考:

Alpha多样性【转】 - (jianshu.com)

alpha diversity分析方法 - (jianshu.com)

估计你的意思是unconditional/conditional coverage。

一般来说,VaR的backtesting是unconditional的,也就是说,假设事件对时间是均匀分布的。

而conditional则认为事件不是均匀分布的,比如说,当前时间出现exception的概率与上一时间是否出现exception有关。

conditional的好处是它考虑了市场状况。例如说现在做100个月的backtesting,95% VaR,你当然不会认为那5个exception是均匀地出现,而是集中在市场波动非常大是时间段,比如说08年下半年。

不好意思,觉得自己的中文表述非常烂。不知道这是否有帮助。