R 语言计算生态位指数生态位宽度(Bi)采用Colwell等(1971)加权修正的Levins指数 式中,Bi为物种i的生态位宽度值,其范围在[0-1]之间,值越大说明该物种生态位宽度越宽;Pij为物种i在第j资源状态下的个体数占该种所有个体数的比例,r为资2023-03-08Python150
在R软件中的FD包都包含哪些函数怎么用?方法有很多,提供以下几种方式,请参考:1.使用本机市场进行2.使用功能表中自带的浏览器上网,直接搜索需要的进行安装3.使用电脑apk格式的安装包,连接数据线传输至,操作在应用程序-我的文件中找到。一般植物功能特征被划分为3类:一是植物形态特2023-03-08Python150
如何在R语言中进行神经网络模型的建立不能发链接,所以我复制过来了。#载入程序和数据 library(RSNNS) data(iris)#将数据顺序打乱 iris <- iris[sample(1:nrow(iris),length(1:nrow(iris))),12023-03-05Python140
R计算功能多样性— functional diversity (FD)一般植物功能特征被划分为3类:一是植物形态特征, 包括生长型、生活型、植株高度等;二是植物生殖特征,包括传粉方式、扩散方式、种子重量等;三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[30].为研究中包括的每个物种创建一个定性和或定量性状的2023-03-05Python110
聚类分析4—环境数据来解释 (数量生态学:R语言的应用-第四章)在这之前我们学习了聚类分析的基本概念、几种计算层次聚类的方法、进一步解读和比较层次聚类结果以及非层次聚类,这些聚类方法都是基于物种多度数据对样方进行分组,当然这些聚类方法也可以用于其他类型数据,特别是环境数据,所以本次就是介绍用 环境数据2023-03-05Python180
R 语言计算生态位指数生态位宽度(Bi)采用Colwell等(1971)加权修正的Levins指数 式中,Bi为物种i的生态位宽度值,其范围在[0-1]之间,值越大说明该物种生态位宽度越宽;Pij为物种i在第j资源状态下的个体数占该种所有个体数的比例,r为资2023-03-05Python140
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-03-05Python170
R语言下如何进行分层卡方检验?R语言下进行分层卡方检验方法和过程如下:t.testt检验wilcox.testwilcox检验prop.testbinom.test贝努力试验检验chisq.test卡方检验fish.testfisher精确检验k2023-03-05Python260
GO(Gene Ontology)Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇,后来广泛用于计算机领域,发挥了很重要的作用,再后来这个概念被引入生物领域。 gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物(果蝇、小2023-03-04Python230
R语言画生存曲线怎么标注相对危险度1、首先用Excel做好数据的统计,将数据整理成每个个体生存天数的形式,并将每个个体均定义为1。2、打开GraphPadPrism后,选择Survival,选择图形类型和结果的显示方式,Fraction是以分数形式显示,Percents是以2023-03-04Python240
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-03-03Python110
【R语言】给富集分析的气泡图加个好看的配色写在前面ggplot2是一款风靡全球的绘图R包,可惜的是,我对它的理解只能到入门的水平,本着在实战中学习的理念,我就搜索一下往后可能用得到的图,进行揣摩和优化,然后我发现了一个师兄的公众号,遂跟着这个师兄学习R绘图。公众号在文末2023-03-03Python120
R 数据可视化 —— circlize 基因组绘图函数创建基因组数据的绘图区域的函数是circos.genomicTrack() ,或者circos.genomicTrackPlotRegions() 。 其实用方式类似于circos.track()函数,可以使用pan2023-03-03Python130
R语言计算α多样性指数与画图操作之前安装好ggplot2、vegan、ggpubr包。如下: install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr") install.p2023-03-02Python120
r语言中qt代表什么r语言中qt函数是分位数函数的自由度。r提供工具来计算累计分布函数p(cummulative distribution function CDF),概率密度函数d和分位数函数q,另外在各种概率分布前加r表示产生随机序列。R语言的特点R作2023-03-02Python120
R语言DESeq2基因差异表达分析经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需2023-03-02Python160
R语言|绘制物种累计曲线物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。 一般而言,在样本量较少的情况下,2023-03-01Python120
r语言中qt代表什么r语言中qt函数是分位数函数的自由度。r提供工具来计算累计分布函数p(cummulative distribution function CDF),概率密度函数d和分位数函数q,另外在各种概率分布前加r表示产生随机序列。R语言的特点R作2023-03-01Python90
R语言 RDA分析(去冗余物种)也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上2023-03-01Python190
《数量生态学:R语言的应用》第二版第三章-关联测度与矩阵------Q模式生态学涉及多元统计方法,特别是排序和聚类,都是明确或不明确地基于所有可能对象或者变量之间的比较。这些比较通常采用关联测度(association meansures)(常称为系数或者指数)的形式,不管是样方还是变量之间的比较都是基于他2023-02-28Python150