前几天,老师让我画一个这样的图。
粗略一看,似乎没有什么特别困难的地方,好像之前也看到过类似的图,但是看到老师发来的链接才发现这居然是Nature出版期刊( Horticulture Research )的配图。 volume )上的配图!
该配图一共由三个图组成, 不同染色体的 SNP-index [2] 对其位置作整图 、 单一染色体的SNP-index对其位置作细节图 以及 对应的基因结构图 。
a、b两图也差不多,都是由 散点图 和 线图 构成。
细节图即是突出显示某一条染色体上的具体情况,以2号染色体为例,与上图的绘制方法基本一致,但是需要取消分面。
前面通过eoffice包将图导入ppt中,再制作基因结构图,便大功告成!
Github: gggens
CRAN: gggenes: Draw Gene Arrow Maps in 'ggplot2'
Author: Introduction to ‘gggenes’
注意:
R version >= 3.6
gggenes依赖的ggfittext需要R 3.6以上,导致我用R 3.4.1安装gggenes失败。后来改用R 3.6.1成功安装。
Linux conda安装R 3.6:
1. 基因组-基因-方向
1. 基础绘图
5. 控制箭头方向
6. 标记亚基因位置