深入浅出介绍聚类分析

深入浅出介绍聚类分析

聚类分析是生信分析中常用的工具,在转录组分析中经常用到。聚类分析将表达模式相似的基因聚类在一起,以基因集的形式进行后续分析,今天我给大家介绍其相关原理。 聚类方法有很多,常用的有以下几个: 下图的例子展示的是,差异表达基因集的聚类
Python120
R语言中实现层次聚类模型

R语言中实现层次聚类模型

R语言中实现层次聚类模型大家好!在这篇文章中,我将向你展示如何在R中进行层次聚类。 什么是分层聚类?分层聚类是一种可供选择的方法,它可以自下而上地构建层次结构,并且不需要我们事先指定聚类的数量。该算法的工作原理如下:将每个数据点放入其自己的
Python60
时间序列分析——DTW算法详解

时间序列分析——DTW算法详解

DTW(dynamic time warping)是时间序列分析中一个很早(1994年,论文的年纪比我都大)也很经典的算法了。它其实借用的是经典算法的“动态规划”的思想。一般来说,时间序列数据如果要做分类,那么大体可以将实验步骤分为:数据预
Python270
基于R语言的分类、聚类研究

基于R语言的分类、聚类研究

1.所有在对iris数据集分(聚)类研究中,setosa均可以完全正确分(聚)类,而另外两类则会出现不同程度的误差,这也是导致整个研究模型出现误差的原因; 2.在使用的三种分类研究方法中,决策树模型的效果最优,因此可以使用该方法进行鸢尾
Python110
r语言lasso回归变量怎么筛选

r语言lasso回归变量怎么筛选

你可以用EXCEL中的“自动筛选”功能。选中数据第一行,按工具栏中的“数据-筛选-自动筛选”,就会在数据第一行出现下拉框,点中它,从下拉框中选“自定义”,会出现一个对话框,在这个对话框的左边框中选“包含”,右边框中填上“公园”(不要引号),
Python160
加权最小二乘法的权重怎么确定r语言

加权最小二乘法的权重怎么确定r语言

第一步:OLS回归,并计算残差r第二步:生成残差的平方,即r2第三步:对r2取对数,并对解释变量做辅助回归(不显著的变量去掉)第四步:计算辅助回归的拟合值G第五步:对G做指数化处理,定义H=exp(G)第六步:以1H为权重做WLS回归,比
Python170
R语言箱线图(boxplot)四分位算法

R语言箱线图(boxplot)四分位算法

箱线图(Boxplot)也称箱须图(Box-whisker Plot),是利用数据中的五个统计量:最小值、第一四分位数、中位数、第三四分位数与最大值来描述数据的一种方法。它也可以粗略地看出数据是否具有有对称性,分布的离散程度等信息;特别适用
Python150
使用R语言将fasta转phylip格式

使用R语言将fasta转phylip格式

使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip格式的比对结果,找了以下,发现用R包phylotools转化最方便,另外提醒一下要用mcmctree的朋友,我发现mcmctree的序列名字长度不能超过50个字符,如果超出的话,建议先
Python120
R语言学习笔记之聚类分析

R语言学习笔记之聚类分析

R语言学习笔记之聚类分析使用k-means聚类所需的包:factoextracluster #加载包library(factoextra)library(cluster)l#数据准备使用内置的R数据集USArrests#load t
Python90
r语言中可以做比分检验和wald检验吗

r语言中可以做比分检验和wald检验吗

1. Sigma:方差-协方差矩阵2. b:VAR-CoV的矩阵Sigma系数的矢量。3. Terms:一个可选的整数向量确定的系数应联合检验,使用一个瓦尔德chi-squared或F测试。4. L:可选的矩阵。5. H0:零假设6. df
Python190
建议收藏!10 种 Python 聚类算法完整操作示例

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聚类分析。我们先从二维空间说起,比如一个组织中的雇佣关系存在四种模式,x轴和y轴分别代表着企业对员工提供的诱因与企业对员工期望的贡献。两个坐标轴划分出了四种雇佣关系,企业对员工提供的诱因与企业对员工期望的贡献两个指标共同可以反映一个企业的员
Python140
建议收藏!10 种 Python 聚类算法完整操作示例

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聚类分析。我们先从二维空间说起,比如一个组织中的雇佣关系存在四种模式,x轴和y轴分别代表着企业对员工提供的诱因与企业对员工期望的贡献。两个坐标轴划分出了四种雇佣关系,企业对员工提供的诱因与企业对员工期望的贡献两个指标共同可以反映一个企业的员
Python110
R语言:unifrac的计算

R语言:unifrac的计算

Unifrac是一个十分常用的衡量不同群落之间谱系结构差异的指标。在R语言中,计算unifrac的函数不只一种,不同函数之间有什么差别呢?本文目的就是对几个常用的计算unifrac的函数的使用方法做个记录。比较对象首先,每
Python140