Monocle2 | 单细胞测序的拟时序分析(细胞轨迹分析)伪时间是衡量单个细胞在细胞分化等过程中取得了多大进展的指标。在许多生物学过程中,细胞并不是完全同步的。在细胞分化等过程的单细胞表达研究中,捕获的细胞在分化方面可能分布广泛。也就是说,在同一时间捕获的细胞群中,有些细胞可能已经很长时间了,而2023-04-29Python190
R package:Seurat 理解S4类以PBMC数据集进行探索 Seurat通过CreateSeuratObject函数创建对象后,将我们导入的UMI count原始稀疏矩阵储存在pbmc@assays[["RNA"]]@counts,此外Seurat自2023-03-06Python110
R语言直接将图片导出至pptx或docx在之前学习的时候,老师有推荐"export"这个神器可以将图片直接导出至ppt,但是发现3.6及4.0版本的R语言仍然无法使用export。 因此,切换至另外一个叫"eoffice"的packag2023-03-05Python110
python分析单细胞数据,多细胞去除的模块hi,各位道友,上次我们介绍了R包DoubletFinder用于去除多细胞 那么python是否也有类似的模块去除多细胞呢,答案是有的。这次我们就来使用一下python模块去除多细胞 Single-Cell Remover of D2023-03-03Python370
分析流程||scanpy单细胞分析流程2-降维聚类及差异基因鉴定gzh:BBio,欢迎关注 scanpy软件由Theis Lab实验室开发,和Seurat相同都是常用的单细胞数据分析工具。scanpy以anndata数据结构存储的单细胞基因表达数据,包括预处理、可视化、聚类、轨迹推断和差异基因鉴定等2023-03-02Python150
pvalue要不要四舍五入在R语言在生物信息学的实际应用中,常常需要添加p-value和显著性标记。很多同学对于添加P-value这个问题一直一知半解,殊不知,不同的类型添加P-value选择的方法也是不同的。本文将详细介绍如何通过ggpubr包为ggplot图添加2023-02-27Python130
如何判断rstudio一直在运行还是卡死了这个话只能是多等待一段时间1、一般的程序假死在任务管理器中也是显示的无响应,所以无法判断是真的死了还是假死2、所以一般在程序卡的时候建议多等待一段时间看看如题,做单细胞的时候很容易发生这种问题,单细胞object很大而且自己在关掉界面之前没2023-02-27Python130
assay 和 purity 的区别assay英[əˈseɪ]美[ˈæsˌe, æˈse]n.试验化验<古>尝试试金 vt.试验分析化验考验 vi.经检验证明内含成分 [网络]含量含量测定实验 [例句]The assay methods2023-02-27Python150
单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder起因: 最近有个问题样本,跑完cellranger,样本的cellranger结果如下,细胞数目极高(3W+)。在后续数据质控分析中,线粒体基因占比和双细胞率均很高,用scDblFinder进行双细胞预测,双细胞占率竟然高达34%。我很2023-02-27Python160
单细胞测序(sc-RNA seq)分析:Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家。雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代,天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了,你还不会2023-02-27Python130
根据单细胞表达矩阵,箱图可视化高表达基因在 scater R包里,有个函数 plotHighestExprs ,可自动根据SingleCellExperiment对象数据进行绘制。但有个缺点就是太慢了,具体操作如下 具体可分为三种情况 最主要的原始是,不同细胞的文库大小可2023-02-26Python110
求氨基酸的三字符号转单字符号 的R语言代码inputAA<-strsplit(inputAA,split=" ")[[1]]outputAA<-sapply(inputAA,function(x){ index<-gre2023-02-26Python410
【R语言】--- 小提琴图小提琴图 (Violin Plot) 用于显示数据分布及其概率密度,该图类是箱型图和核密度图的结合,主要用来显示数据的分布状况。中间的黑色粗条表示四分位数范围,从其延伸的细黑线代表数据范围,两端为最大值和最小值,而白点则为中位数。 vi2023-02-26Python110
单细胞数据分析中的秩和检验与t检验在单细胞数据分析的过程中,寻找差异基因的过程需要用到对基因统计的假设检验(例如函数FindAllMarkers中的test.use参数),我们这里来深入了解一下假设检验的方法和应用环境。 秩和检验适用于广泛的统计学环境,秩和检验是检验2023-02-24Python160
方差分解分析 (VPA):定量不同环境因子对群落变化的解释比例这篇微文写的非常棒,因此转发至自己的智库中,以便日后学习。 衷心的感谢每一位知识的奉献者。。。。VPA ,全称Variance Partitioning Analysis,中文成为方差分解分析,该分析的目的是 确定指定的环境因子对群落结构变2023-02-24Python1160
单细胞测序(sc-RNA seq)分析:Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家。雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代,天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了,你还不会2023-02-24Python200
随机对照研究中怎样利用r语言对数据进行校正产生随机数有两个函数,他们是 runif(),rnorm()举例:runif(10,min=0,max=1) #产生10个最小值为0,最大值为1的随机数[1] 0.23848237 0.44347367 0.59288350 0.586682023-02-24Python130
python中程序运行时间的计算单细胞中各种同类工具层出不重,往往需要比较软件间的重现性,运行速度等,因此查阅了python中程序运行时间计算的各种方法。 程序中主要有两种时间CPU time和Wall time, 前者就是CPU实际运行的时间,包含系统CPU tim2023-02-24Python200
单细胞测序的设计与分析缩略词表: fluorescence-activated cell sorting (FACS) —— 流式细胞荧光分选技术 whole-genome amplification (WGA)—— 全基因组扩增技术 multipl2023-02-24Python140
SingleR || 单细胞细胞类型定义工具近年来,单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的研究进展使疾病模型中描述基因表达变化(gene expression )的精度达到了前所未有的水平。目前已发展出多种单细胞分析方法来检测基因表达的变化,并通过基因表达的相似性来聚类细胞。2023-02-23Python100