options:R语言环境变量设置

Python010

options:R语言环境变量设置,第1张

环境设置函数为options(),用options()命令可以设置一些环境变量,使用help(options)可以查看详细的参数信息。

查看默认参数的默认设置 getOption()

查看所有默认参数的设置

默认参数的更改

拼图之前,先要根据自己图片的张数,设置好画布大小,这很重要。一般一张方形的图会设置为width和height都等于5,如果两张横着拼在一起,就会设画布为10*5;如果拼6张图,一行三张,则设为15*10,以此类推。当然画图的时候也可以自己尝试,根据实际情况调整。

repr.plot.height 和 repr.plot.width 设置了整张图的大小

参考: https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/options

目前R 3.6.1 都已经preRelease了,我笔记本上的电脑也赶忙把R从3.5.4升级到3.6.0(当然生产力相关环境还没敢乱升级,毕竟升级一次R语言还是容易碰到很多问题的,例如这次记录)。

在使用BiocManger安装一个包 minfi 的时候,报错:

这看起来明显就是升级了R但是还没升级BiocManger,因为我在升级R语言的时候, library 是没有变动的,导致我的包都是3.5版本的,所以第一件事就是需要更新BiocManager到3.9:

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解