R语言作图plot函数以及参数设置解析

Python0142

R语言作图plot函数以及参数设置解析,第1张

plot(x, y = NULL, type = "p", xlim = NULL, ylim = NULL, log = "", main = NULL, sub = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, ann = par("ann"), axes = TRUE, frame.plot = axes, panel.first = NULL, panel.last = NULL, asp = NA, xgap.axis = NA, ygap.axis = NA,   ...)

x,y  用于横纵坐标作图的数据对象。

type 图类型(线条和点类型),使用格式type=" "。

                                                   type="p"显示为空心点。plot

                                                   type="l"显示为线条。line

                                                   type="b"显示为空心点和线条。both

                                                   type="c"显示为无点和线条。

                                                   type="o"显示为空心点和线条,线穿过空心点。

                                                   type="s"/"S"显示为阶梯线。

                                                   type="h"显示为直方图样的垂直线。

                                                   type="n"显示为无点和无线条。

xlim/ylim 用于指定图的x轴和y轴的范围,使用格式:xlim=c(x1,x2), ylim=c(y1,y2)。

xlab/ylab 用于给图的x轴和y轴添加标签,使用格式:xlab="xlab",ylab="ylab"。

main 用于对plot添加主标题, main="   "。

sub   用于对plot添加副标题, sub="   "。

log   用于对x或者y值取log。log="x"/"y"/"xy"。

ann  使用T/F对plot中的标题,x轴标签,y轴标签是否显示进行定义。

axes  使用T/F对坐标轴是否显示进行定义。

frame.plot  使用T/F对画图外框是否显示进行定义。

panel.first  参数还没弄懂,panel.first="grid(8,8)"对背景线进行定义。

asp  表示y/x的纵横比。

lty   用于线条类型的定义,指定值为整数,lty="1"。

                                                   lty="0"显示为空白,即无线条。

                                                   lty="1"显示为实线线条。

                                                   lty="2"显示为虚线线条。

                                                   lty="3"显示为点状线条。

                                                   lty="4"显示为点虚线线条,点和虚线线条间隔。

                                                   lty="5"显示为长虚线。

                                                   lty="1"显示为双破折号线条。

par(mfrow = c(n,m),mar = c(0,0,0,0),mai = c(0,0,0,0))

mar,mai参数主要是调节图形的margin的大小,顺序是下、左、上、右

R语言中,设置plot(x,y,'..., bty="o",..)里参数bty,就可以不同的6种边框了。

bty可以取6种字符,分别为“o”、“l”、“7”、“c”、“u”、“]”。这些字符代 表6种边框。

bty=“o” 绘制图形的上边框、下边框、左边框和右边框;注意这是小写的O

bty="l" 绘制图形的左边框和下边框;注意这是小写的L

bty="7"绘制图形的上边框和右边框;

bty="c"绘制图形的上边框、下边框和左边框;

bty="u"绘制图形的左边框、下边框和右边框;

bty="]"绘制图形的上边框、下边框和右边框;

title("Main Title", sub = "sub title",cex.main = 2,   font.main= 4, col.main= "blue",

      cex.sub = 0.75, font.sub = 3, col.sub = "red")

lty 取值为整数值,表示线型

tck 表示横纵坐标的刻度

ggsurvplot(

fit, #生存分析结果

data = NULL, #a dataset used to fit survival curves

fun = NULL, # 定义生存曲线转换的任意函数。 经常使用的转换可以用字符参数指定:“event”绘制累积事件(f(y) = 1-y),“cumhaz”绘制累积风险函数(f(y) = -log(y)),“pct”以百分比表示生存概率。

color = NULL, #曲线颜色

palette = NULL, #颜色调色板,可选调色板有 "grey","npg","aaas","lancet","jco", "ucscgb","uchicago","simpsons"和"rickandmorty".

linetype = 1, #线条形状,可以用数值型向量1,2表示,也可以用字符串向量c("solid", "dashed").

conf.int = FALSE, #是否画出置信区间

pval = FALSE, #是否显示P值

pval.method = FALSE, #是否添加计算P值得方法得文本,前提是pval = TRUE

test.for.trend = FALSE, #默认是F,如果TURE,返回trend Pvalues检验。 趋势检验旨在检测生存曲线的有序差异。 也就是说,至少对一个群体来说。 只有组数为>2时,才能进行趋势测试。

surv.median.line = "none", #画一条水平或者垂直得生存中位值线,允许的值有c("none", "hv", "h", "v"). v: 垂直vertical, h:水平horizontal.

risk.table = FALSE, #是否显示风险table。其他值有absolute" or "percentage",显示绝对数值/百分比;参数"abs_pct" ,百分比以及绝对数值都显示

cumevents = FALSE, # logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of events.

cumcensor = FALSE, #logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of censoring.

tables.height = 0.25, #设置table得高度,取值范围0-1

group.by = NULL, #包含分组变量名称得字符串向量。长度<=2

facet.by = NULL, #一个字符向量,包含将生存曲线分成多个面板的分组变量的名称。

add.all = FALSE, #一个逻辑值。 如果为TRUE,则在主图中添加合并患者(null model)的生存曲线。

combine = FALSE, # a logical value. If TRUE, combine a list survfit objects on the same plot.

ggtheme = theme_survminer(), #主题名称

tables.theme = ggtheme, #主题名称,默认是theme_survminer.

... #后面描述的参数和其他参数将被传递给ggplot2 geom_*()函数,如linetype, size, ii)或ggpar()函数来定制图形。 看到的细节部分

)