安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，方便自己和他人查看
到这里已经没太有耐心了，然后开始查原因，后面应该加一个 type = "binary"
再试一下
成功解决，安装 XML 时同样也是这个问题 ，跟上面是一种解决方式
安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了
解决办法
解决：去 lib_PATH下把lock文件删掉
这里是 问题 5 的 参考
老版本R，在这里MARK以下
虽然讨论了一些R包安装问题，但这应（jue）该（dui）不会是我最后一次安装报错，以后再遇到会更新的
加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。
相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析。一是充分利用了信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去了多重假设检验校正的问题。
以上内容引用的网页：http://blog.genesino.com/2018/04/wgcna/#wgcna%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%A6%82%E5%BF%B5
感觉WGCNA挺合自己脾气的，想安装一下。注定安装不会那么顺利。
安装了WGCNA是在Rstuio上安装的。用命令 install.packages("WGCNA")
执行完命令后，提示信息显示有三个依赖包（‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’）无法安装。
然后再安装那三个依赖包。
BiocManager::install("impute")，安装impute时，也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时，选择不更新 n.
>library("WGCNA")
Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘preprocessCore’这个名字的程辑包
然后再安装一下‘preprocessCore’包
BiocManager::install("preprocessCore")
做完以上工作，再执行一下 >library("WGCNA").
其中提示信息：载入需要的程辑包：dynamicTreeCut ；载入需要的程辑包：fastcluster ；载入程辑包：‘fastcluster’ 意思是在使用WGCNA时，需要先载入这三个包，并且已经被直接载入了，不是错误信息。
你好，刚才我在rstudio里尝试了一下，
证明很轻松的可以安装上，推测你安装不上的原因是网络情况不太好如果确定网络很好的话，还是安装不上，可以换下镜像地址；换成中国清华大学或合肥科技大的，应该会有所改善。
