【Python 】性能优化系列:随机数

Python037

【Python 】性能优化系列:随机数,第1张

最近在做的项目重点部分与大量生成随机数有关,维度高达[1700000,10000],需要生成 10 x 30 次左右,这里遇到内存和速度的双重瓶颈,特地研究了一下如何优化随机数。

优化时间测试所需的分析工具在另一篇博客《性能优化系列一:分析工具》中提到。

原生的python中也有随机模块生成 random.randint 和 random.random 等,但是速度非常慢,numpy 速度可以大幅提升。一般都采用numpy生成随机数。

比较常用的就是以上几种。在需要生成大量随机数的情况下,或生成伪随机数的情况下,python 3.7 常用 RandomState 。

直接生成大规模非稀疏矩阵如下,经常遇到 MemoryError 的错误,大概是同时生成多个float64精度的大规模随机矩阵服务器内存不够,而random state 似乎也没提供调整类型的attr,

这时最好使用即使生成即使销毁,仅保留种子作为索引,同样,多个CPU之间共享大规模矩阵涉及到共享内存或数据传输同步较慢的问题,最好也共享seed而不是直接共享矩阵。

ps. 这里注意一般我们设置time.time()为种子时,对于并发性程序是无效的,不要在并发程序中同时定义,建议生成一个seed list 列表再从中取。

这里可以对大规模矩阵进行分片以进行后续的np 乘法,再切片赋值,以时间换内存。这种情况的麻烦在于如果设定随机数种子会导致每个分片的随机数相同。可以利用一个最初seed(爷爷种子)randint生成 一组切片组数的seed(父亲种子),再每次从中取不同的随机数。

在上述切片方法尝试之后,可以解决内存问题。但是时间非常慢,特别是采取s = 1时在standard normal 上调用170万次的时间长达3000s,line search一下搜索了大约100000为切片值仍然太慢。在文档中发现了 BitGenerator 和 Generator ,大约可以提速到原来的 1/3。

除了Numpy和基本模块之外,AES CTR 加密算法生成随机数也很快,但是并不能有比较方便的方式控制每次生成的一样。参见以下reference。

tensorflow 和 pytorch 也都有大规模生成随机tensor的方式。性能待考。

1. 超快生成随机数的方式CSDN博客

2. tensorflow 生成随机tensor

yxhtest7772017-07-18

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python运行速度慢怎么办?6个Python性能优化技巧

Python是一门非常酷的语言,因为很少的Python代码可以在短时间内做很多事情,并且,Python很容易就能支持多任务和多重处理。

Python的批评者声称Python性能低效、执行缓慢,但实际上并非如此:尝试以下6个小技巧,可以加快Python应用程序。

关键代码可以依赖于扩展包

Python使许多编程任务变得简单,但是对于很关键的任务并不总是提供最好的性能。使用C、C++或者机器语言扩展包来执行关键任务能极大改善性能。这些包是依赖于平台的,也就是说,你必须使用特定的、与你使用的平台相关的包。简而言之,该解决方案提供了一些应用程序的可移植性,以换取性能,您可以获得只有通过直接向底层主机编程。

下面这些扩展包你可以考虑添加到你的个人扩展库中:

Cython

PyInlne

PyPy

Pyrex

这些包有不同的作用和执行方式。例如,Pyrex 让Python处理一些内存任务变得简单高效;PyInline可以直接让你在Python应用程序中使用C代码,虽然内联代码被单独编译,但是如果你能高效的利用C代码,它可以在同一个地方处理每一件事情。

使用关键字排序

有很多古老的Python代码在执行时将花费额外的时间去创建一个自定义的排序函数。最好的排序方式是使用关键字和默认的sort()方法。

优化循环

每一种编程语言都强调循环语句的优化,Python也是一样的。尽管你可以依赖于丰富的技术让循环运行的更快,然而,开发者经常忽略的一个方法是避免在循环内部使用点拼接字符串。

使用新版本

任何一个在线上搜索Python资料的人都会发现无数关于Python版本迁移的信息。通常,Python每一个版本都针对之前的一个版本做了优化和改进,以让Python运行的更快。限制因素是你喜欢的函数库是否也针对Python的新版本做了改进。

当你使用了新的函数库,获得了Python的新版本,你需要保证代码依然能够运行,检查应用,修正差异。然后,如果你仅仅是

基于以下三个原因,我们选择Python作为实现机器学习算法的编程语言:(1) python的语法清晰;(2) 易于操作纯文本文件;(3) 使用广泛,存在大量的开发文档。

可执行伪代码

Python具有清晰的语法结构,大家也把它称作可执行伪代码(executable pseudo-code)。默认安装的Python开发环境已经附带了很多高级数据类型,如列表、元组、字典、集合、队列等,无需进一步编程就可以使用这些数据类型的操作。使用这些数据类型使得实现抽象的数学概念非常简单。此外,读者还可以使用自己熟悉的编程风格,如面向对象编程、面向过程编程、或者函数式编程。

Python语言处理和操作文本文件非常简单,非常易于处理非数值型数据。Python语言提供了丰富的正则表达式函数以及很多访问Web页面的函数库,使得从HTML中提取数据变得非常简单直观。

Python比较流行

Python语言使用广泛,代码范例也很多,便于读者快速学习和掌握。此外,在开发实际应用程序时,也可以利用丰富的模块库缩短开发周期。

在科学和金融领域,Python语言得到了广泛应用。SciPy和NumPy等许多科学函数库都实现了向量和矩阵操作,这些函数库增加了代码的可读性,学过线性代数的人都可以看懂代码的实际功能。另外,科学函数库SciPy和NumPy使用底层语言(C和Fortran)编写,提高了相关应用程序的计算性能。本书将大量使用Python的NumPy。

Python的科学工具可以与绘图工具Matplotlib协同工作。Matplotlib可以绘制2D、3D图形,也可以处理科学研究中经常使用到的图形,所以本书也将大量使用Matplotlib。

Python开发环境还提供了交互式shell环境,允许用户开发程序时查看和检测程序内容。

Python开发环境将来还会集成Pylab模块,它将NumPy、SciPy和Matplotlib合并为一个开发环境。在本书写作时,Pylab还没有并入Python环境,但是不远的将来我们肯定可以在Python开发环境找到它。

Python语言的特色

诸如MATLAB和Mathematica等高级程序语言也允许用户执行矩阵操作,MATLAB甚至还有许多内嵌的特征可以轻松地构造机器学习应用,而且MATLAB的运算速度也很快。然而MATLAB的不足之处是软件费用太高,单个软件授权就要花费数千美元。虽然也有适合MATLAB的第三方插件,但是没有一个有影响力的大型开源项目。

Java和C等强类型程序设计语言也有矩阵数学库,然而对于这些程序设计语言来说,最大的问题是即使完成简单的操作也要编写大量的代码。程序员首先需要定义变量的类型,对于Java来说,每次封装属性时还需要实现getter和setter方法。另外还要记着实现子类,即使并不想使用子类,也必须实现子类方法。为了完成一个简单的工作,我们必须花费大量时间编写了很多无用冗长的代码。Python语言则与Java和C完全不同,它清晰简练,而且易于理解,即使不是编程人员也能够理解程序的含义,而Java和C对于非编程人员则像天书一样难于理解。

所有人在小学二年级已经学会了写作,然而大多数人必须从事其他更重要的工作。

——鲍比·奈特

也许某一天,我们可以在这句话中将“写作”替代为“编写代码”,虽然有些人对于编写代码很感兴趣,但是对于大多数人来说,编程仅是完成其他任务的工具而已。Python语言是高级编程语言,我们可以花费更多的时间处理数据的内在含义,而无须花费太多精力解决计算机如何得到数据结果。Python语言使得我们很容易表达自己的目的。

Python语言的缺点

Python语言唯一的不足是性能问题。Python程序运行的效率不如Java或者C代码高,但是我们可以使用Python调用C编译的代码。这样,我们就可以同时利用C和Python的优点,逐步地开发机器学习应用程序。我们可以首先使用Python编写实验程序,如果进一步想要在产品中实现机器学习,转换成C代码也不困难。如果程序是按照模块化原则组织的,我们可以先构造可运行的Python程序,然后再逐步使用C代码替换核心代码以改进程序的性能。C++ Boost库就适合完成这个任务,其他类似于Cython和PyPy的工具也可以编写强类型的Python代码,改进一般Python程序的性能。

如果程序的算法或者思想有缺陷,则无论程序的性能如何,都无法得到正确的结果。如果解决问题的思想存在问题,那么单纯通过提高程序的运行效率,扩展用户规模都无法解决这个核心问题。从这个角度来看,Python快速实现系统的优势就更加明显了,我们可以快速地检验算法或者思想是否正确,如果需要,再进一步优化代码。