R语言处理PCR数据,一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断

Python031

R语言处理PCR数据,一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断,第1张

PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct 法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak

以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过 R做截断柱状图并加显著性统计 可以实现,但Y叔出手写了个 ggbreak 包,完美的就解决了

其实还有一个 pcr 的包也能简单实现,而且自动计算mRNA相对表达定量,而且对照组定量是1,更加科学,但是表格只是两列CT值,还要重新定义组,所以要先提取一下表格,处理一下数据。

也可以截断,还是 ggbreak

直方图又称柱状图/条形图,用来展示连续数据分布的常用工具,用来估计数据的概率分布。

使用格式:hist(x,breaks=n,main="name",labels=FASLE,col="blue",border="red",freq=TRUE)

x 向量,直方图的数据

breaks 描直方图的断点,例如breaks=20表示画出20个柱子;

labels 逻辑变量,TRUE标出频数

main 标题

col 颜色

border外框颜色

freq 逻辑变量,TRUE为数据频数,默认为TRUE;FALSE则为密度

我们可以用lines画出数据的密度曲线

还可以画正态分布的密度曲线

使用格式 ggplot(data,aes(x=class))+geom_bar()

x 绘制的数据

或者 ggplot(data,aes(y=class))+geom_bar(),则类型分布在y轴

当想看在该因素中其他因素的情况,可以利用fill进行绘制,得出叠堆条形图

横向的柱状

大多数时候我们想比较多个组直接某些因素的情况,例如有时候我们要画几个样本中各个细胞比例的情况

这是我们可以画堆叠条形图

此时不好比较,我们可以把同类型细胞放在一块比较,即横坐标变为细胞类型

在实验过程中可以采用容易分析的形式进行比较

以上是基本绘制的参数,此外还有美化的一些参数

labs 横纵坐标轴的名称

ggttitle 标题名称

geom_bar(width= )设置条形大小,默认情况下,设置为数据分辨率的90%。

theme_bw() 改变背景颜色

scale_fill_manual 自定义颜色

更多参数见 R语言绘图——数据可视化ggplot2 介绍和主要的参数

柱状图又叫条形图,是数据展示最重要的一类统计图,数据分析结果展示中使用频率非常高,各类统计软件均能绘制。在R语言中,有很多包可绘制柱状图,比如graphics包barplot()函数和ggplot2包geom_bar()函数。 本文介绍ggplot2包的geom_bar()函数绘制柱状图。

geom_bar()函数的基本用法:

[1] https://www.r-graph-gallery.com/

[2] Robert I. Kabacoff (著). R语言实战(高涛/肖楠/陈钢 译). 北京: 人民邮电出版社.

[3] https://www.jianshu.com/p/65b8aacefa20

[4] https://zhuanlan.zhihu.com/p/37865149

[5] https://blog.csdn.net/qq_37395039/article/details/107517927