预先设定排序轴的数量m；
在m维空间内构建对象的初始结构，初始结构是调整对象之间位置关系的起点；
在m维空间内，用一个迭代程序不断调整对象位置，目标是不断最小化应力函数（Stress function，其值被转化为0~1间的数值，可以检验 NMDS 分析结果的优劣。通常认为 stress<0.2 时可用 NMDS 的二维点图表示，其图形有一定的解释意义；当 stress<0.1 时，可认为是一个好的排序；当 stress<0.05 时，则具有很好的代表性）不断调整对象位置，直至应力函数值不再减少，或已达到预定的值；
大部分NMDS会根据PCA结果旋转最终的排序图，使结果更容易解读。
Shepard 图：能够比较NMDS中对象间距离与原始距离测度矩阵中的值或者通过二者间进行线性（Linear fit）或非线性（Non-metric fit）拟合的R^2 评估，拟合R^2 越大越好/两个R^2 值越一致越好。
1、Shepard图的R^2 ：拟合R^2 越大越好/两个R^2 值越一致越好；
2、Stress值：Stress<0.2（有一定可靠性）；Stress<0.05（结果较好）；Stress<0.02（结果很好）；Stress<0.01（结果极好）。
注：stress=0.12，说明结果不好，但有一定的可靠性。
图形中的点代表样本，不同颜色/形状代表样本所属的分组信息。同组样本点距离远近说明了样本的重复性强弱，不同组样本的远近则反应了组间样本距离在秩次（数据排名）上的差异。样本相似性距离计算方式对结果有影响，选择输入不同相似性距离值的矩阵，得到的结果存在着不同程度差异。
横纵坐标轴含义：NMDS是距离值的秩次（数据排名）信息的评估，图上样本信息仅反映样本间数据秩次信息的远近，而不反映真实的数值差异，横纵坐标轴并无权重意义，横轴不一定比纵轴更加重要。
NMDS是非参数的方法，不应该有解释量，不知道他们这些NMDS的解释率是怎么算出来的？我估计是用主坐标分析(PCoA)的解释量来作为NMDS的解释量，但这种张冠李戴的做法可能是不合适的（引自赖江山老师： http://blog.sciencenet.cn/blog-267448-1146112.html ）。
R语言-统计学 描述性统计描述定量数据的数值方法：中心趋势度量 变异的度量 相对位置的度量。
1.中心趋势度量 ： 算数平均 中位数 众数
1.1 在R中计算平均数的函数 mean( )常规的mean() 函数用法mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...) 参数说明： x 对象名称trim 过滤掉异常值 ，按照距离平均值的远近距离排除，如对象中含有10个数据，排除最高和最低值，trim=0.2na.rm 默认为F 表示是否计入空值实例1： 做一个稍微复杂点的操作，用r做数据透视表并把结果转换为matrix ，对行列求和。(仅娱乐，无实用价值)
demo <- mtcars[1:6,] # 调用R自带函数集，并去前6行
toushi <- aggregate(mtcars[,5:6] ,by = list(cyl = mtcars$cyl),sum) # 数据透视表求和
toushi <- as.matrix(toushi) # 将结果的数据框转化成矩阵
#(toushi <- apply(toushi,c(1,2),sum))
(rowSums(toushi)) # 行求和
(colSums(toushi)) # 列求和
toushi <- rbind(toushi,rowSums(toushi)) #将行求和结果并入最后一行
toushi <- cbind(toushi,colSums(toushi)) #将列求和结果并入最后一列
1.2 中位数和众数
对于偏度极大的数据集，中位数能更好的描述数据分布的中心。
很少用众数作为数据数据趋势的度量，只有当对y出现的相对频率感兴趣时，才会考虑到众数。
R实现中位数 ：
median(x, na.rm = FALSE)
R中没有直接插找众数的命令
which.max(table(x))
2.变异的度量 ： 极差 方差 标准差
2.1 .极差 = max（）- min（）
2.2 方差和标准差
对一个有n个测量值的有限总体来说，方差计算公式的分母为n。关于样本方差和总体方差分母的差异原因，可自行百度搜索。
R语言计算方差的函数： var(x,)
w<-c(75.0,64.0,47.4,66.9,62.2,62.2,58.7,63,5,66.6,64.0,57.0,69.0,56.9,50.0,72.0)
var(w)
# 附加指数点：标准差的两个有用法则：经验法则 和 切比雪夫法则，共同说明一个问题，对于任意大于1的正数k，至少有（1-1/k^2）的测试值落在平均值的k个标准值范围内。
3.变异的度量 ： 百分位数 Z得分
3.1 .最常见的四分位数（一般从大到小）
quantile(x, probs = seq(0, 1, 0.25), na.rm = FALSE,names = TRUE, type = 7, ...)
