R语言安装DESeq2包

Python09

R语言安装DESeq2包,第1张

DESeq2用来处理转录组数据。那么先来完成第一步:安装。

1、传统方式安装

麻蛋,报错了!!!!为什么受伤的总是我。

2、开启查阅资料模式,然后得到的结论是这个包的安装需要利用BiocConductor或者BiocManager。

但是根据网上大神们的分享,尝试了各种方法。报错越来越多,并且越来越看不懂。

最后决定直接进入DESeq2的package官网上看吧。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html

3、最后按照Bioconductor指示安装,成功。

从CRAN( https://cran.r-project.org/ ) 安装第三方包的方法:

从bioconductor( http://www.bioconductor.org/ ) 安装第三方包的方法:

直接从Github( https://github.com/ ) 上直接安装第三方包的方法:

R语言提供的大量R包为众多研究者提供了足够的工具,但是如何安装R包是很多人在使用R语言做数据分析时候所面临的问题之一。接下来介绍如何大规模安装所需要的R包。更多知识分享请到 https://zouhua.top/

随着时间流逝,安装的R包也越来越多,如何快捷分辨出未安装过的R包就显得尤其重要。我们可以通过 installed.packages 函数判断,并使用lapply函数分次安装所有的R包。构建函数,使其具有如下功能:

除了上面这种大规模安装未安装过的R包外,还可以通过已经构建好的R包内置函数安装,例如现在比较友好的R pacman ,它提供的 p_load 函数其实可以看成是上述 InstallPackageFun 的升级版本。还有一个 librarian 包提供的 shelf 函数和 p_load 有类似的功能。

最后综上所述,安装R包除了来源不同,其实有时候还会考虑到版本问题,这里面的问题就比较多了,有时间再写吧。