R语言|绘制稀释曲线

R语言|绘制稀释曲线

alpha多样性指数的大小是与使用的ASVOTU表的抽平深度有关,为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线,可绘制稀释曲线(rarefaction curve),这是生态领域的一种常用方法。 稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定
Python350
16s—α多样性分析(R画箱线图)

16s—α多样性分析(R画箱线图)

α多样性分析是反映生态系统内物种的多样性,包括 丰富度 和 均匀度 的综合指标。 丰富度:物种类别的多少,越丰富多样性越高。 均匀度:不同物种的数目均匀程度,越均匀多样性越高。1、Chao指数: 是用chao1 算法估计群落
Python220
R语言画生存曲线怎么标注相对危险度

R语言画生存曲线怎么标注相对危险度

1、首先用Excel做好数据的统计,将数据整理成每个个体生存天数的形式,并将每个个体均定义为1。2、打开GraphPadPrism后,选择Survival,选择图形类型和结果的显示方式,Fraction是以分数形式显示,Percents是以
Python240
世界上一共有几种语言,分别是什么

世界上一共有几种语言,分别是什么

据联合国调查,目前全世界大约有多少种语言?语言是人类最重要的交际工具,它是以语音为物质外壳,以词汇为建筑材料,以语法为结构规律而构成的体系。世界语言十分复杂,专家估计大要有5000-7000种。但是我们应该注意到各国的学者所统计的结论是相差
Python130
世界上一共有几种语言,分别是什么

世界上一共有几种语言,分别是什么

据联合国调查,目前全世界大约有多少种语言?语言是人类最重要的交际工具,它是以语音为物质外壳,以词汇为建筑材料,以语法为结构规律而构成的体系。世界语言十分复杂,专家估计大要有5000-7000种。但是我们应该注意到各国的学者所统计的结论是相差
Python140
richness是什么意思

richness是什么意思

richness[英][ˈrɪtʃnəs][美][ˈrɪtʃnəs]n.丰富富裕浓烈富饶 例句:1.A firm can create desirable images and associations by designing a pac
Python150
R语言计算β多样性指数及分析

R语言计算β多样性指数及分析

计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python180
R语言画生存曲线怎么标注相对危险度

R语言画生存曲线怎么标注相对危险度

1、首先用Excel做好数据的统计,将数据整理成每个个体生存天数的形式,并将每个个体均定义为1。2、打开GraphPadPrism后,选择Survival,选择图形类型和结果的显示方式,Fraction是以分数形式显示,Percents是以
Python110
案例演示 | R语言绘制热图代码

案例演示 | R语言绘制热图代码

本文是个人笔记,请谨慎付费[星球用户可免费看]。 我们在分析了差异表达数据之后,经常要进行热图的可视化展示。热图(Heat map) 是一个以 颜色 变化来显示数据的 矩阵 。虽然“热图”是一个新兴的词汇,但是用明暗的矩阵来标
Python210
2020-09-02-R语言绘制PCA图

2020-09-02-R语言绘制PCA图

1、首先数据均一化2、 #载入一个CSV文件,header=TRUE保证表头不被当成表格数据,sep=","用逗号把数据分开 mydata&lt-read.table("abc.csv"
Python250
草本多样性计算

草本多样性计算

你好!!用于测度群落物种多样性的计算公式如下:①α多样性测度丰富度指数=s,Margalef指数 Dmg=(S一1)/lnN0Shannon- Wiener 指数:Simpson多样性指数:Pielou均匀度指数J=H′lns式中Pi为某
Python270
R数据可视化: PCA和PCoA图, 2D和3D

R数据可视化: PCA和PCoA图, 2D和3D

主成分分析(Principal Components Analysis,PCA) ,也称主分量分析或主成分回归分析法,是一种无监督的数据降维方法。PCA通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示,可用于提取数据的主要特征分量,
Python200
R数据可视化: PCA和PCoA图, 2D和3D

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主成分分析(Principal Components Analysis,PCA) ,也称主分量分析或主成分回归分析法,是一种无监督的数据降维方法。PCA通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示,可用于提取数据的主要特征分量,
Python140
r语言怎么画y=x1+x2+x3的曲线拟合图

r语言怎么画y=x1+x2+x3的曲线拟合图

1、利用geom_smooth进行曲线的拟合。2、利用spline进行插值操作。R语言,一种自由软件编程语言与操作环境,主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R主要是以命令行操作,同时有人开发了几种图形用户界面。下图显示内置数据集colon,病
Python300
R语言计算β多样性指数及分析

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计算β多样性指数需要用到phyloseq包。它的安装方式不同于简单的install.packages(“phyloseq”) 有两种方法可以安装 1.先安装BiocManager install.packages("B
Python160
R语言计算β多样性指数及分析

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Python180
LD衰减图

LD衰减图

LD衰减距离指的是,当平均LD系数衰减到一定大小(最大值的一半0.5以下)的时候,对应的物理距离。通常用LD衰减距离来描述LD衰减速度。LD衰减速度越快,即衰减距离越小,说明该群体遗传多样性越高;LD衰减速度越慢,通常驯化程度越高,选择强
Python190
怎么用r语言进行dna菌群多样性分析

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基因测序分析微生物菌群结构 NA是什么意思微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之
Python160