R语言中有哪些取整运算?

Python0386

R语言中有哪些取整运算?,第1张

R语言中取整运算主要包括以下五种:floor():向下取整;ceiling(): 向上取整;round(): 四舍五入取整;turnc(): 向0取整;signif(): 保留给定位数的精度。

floor返回对应数字的'地板'值,即不大于该数字的最大值;

ceiling返回对应数字的'天花板'值,就是不小于该数字的最小整数;

round是R里的'四舍五入'函数,具体的规则采用banker's rounding,即四舍六入五留双规则(wiki)。round的原型是round(x, digits = 0), digits设定小数点位置,默认为零即小数点后零位(取整)。

trun的特性是'向零截取', 也就是说对于一个数字a,它将数轴分成两侧,trunc(a)将返回数轴上包含数字0的那一侧离a最近的那个整数。

signif是保留有效数字的函数。常用于科学计数。

物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。

一般而言,在样本量较少的情况下,随着样本数量的增加,将有较大可能性发现大量新的物种,此时曲线呈急剧上升状态;当样本数量已经较大时,此时群落中的ASV/OTU总数将不再随着样本数量增加而显著增加,曲线将趋于平缓。

因此,通过物种累积曲线可以判断样本量是否充分:若曲线始终保持上升趋势,则表明样本量不足,反之,则表明样本量已足以反应群落的物种组成。在样本量充分的前提下,运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测。

下面我使用R脚本,vegan包对ASV/OTU丰度矩阵中每个样本所对应的SAV/OTU总数绘制specaccum物种累计曲线。

1.调用vegan包,读取物种数据;

2.使用 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线;

3.作图展示。

如图,随着取样样本数量逐渐增加,所观测到的物种种类也不断增加。当曲线趋近平缓时,代表群落中的物种接近全部被观测到;反之不饱和,还需继续观测更多的样本数量。