R语言 -- if 不能识别含有NA的数据

Python016

R语言 -- if 不能识别含有NA的数据,第1张

由于数据中含有NA，if不能讲if()内的计算结果的NA识别为TRUE和FALSE中的任一个，因此会这样报错。

解决办法：

只需要使用na.omit去掉含有NA的行或列，就可以愉快地进行if循环了~

啊啊啊，这个坑了我好一会~

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r语言找不到对象geneexp

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百度网友0f1c54f9b

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r语言找不到对象geneexp，原因和解决方法如下。cor.test(x, ...)

## Default S3 method:

cor.test(x, y,

alternative = c("two.sided", "less", "greater"),

method = c("pearson", "kendall", "spearman"),

exact = NULL, conf.level = 0.95, continuity = FALSE, ...)

## S3 method for class 'formula'

cor.test(formula, data, subset, na.action, ...)

根本没有

cor.test(first,second,data= weightBJ_data)

这种调用方式，所以不识别对象first,second

你可以用

attach(weightBJ_data)

cor.test(first,second)

#或者

cor.test(weightBJ_data$first,weightBJ_data$second)

#或者

cor.test(weightBJ_data[,1],weightBJ_data[,2])

你用过attach(weightBJ_data)之后

first才能识别，但应该是没有逗号的。

first[2]

LD衰减距离指的是，当平均LD系数衰减到一定大小(最大值的一半/0.5以下）的时候，对应的物理距离。通常用LD衰减距离来描述LD衰减速度。LD衰减速度越快，即衰减距离越小，说明该群体遗传多样性越高；LD衰减速度越慢，通常驯化程度越高，选择强度越大，导致遗传多样性下降。

LD系数衰退速度会受到不同因素的影响而有所不同。常见的因素包括：

1）物种类型LD存在的本质是两个位点的连锁遗传导致的相关性。但这种相关性理论上会随着世代的增加、重组次数的增加而不断下降。所以，那些繁殖力强、时代间隔短的物种（例如，昆虫），其LD衰减的速度是非常快的。例如在家蚕和野蚕群体中，LD系数下降到最大值的1/2仅仅需要46bp和7bp的距离

2）群体类型相同物种的不同群体，由于其遗传背景不同，LD衰减速度也存在很大的差异。驯化选择，会导致群体遗传多样性下降，位点间的相关性（连锁程度）加强。所以，通常驯化程度越高，选择强度越大的群体，LD衰减速度是最慢的。例如，栽培稻比野生稻通常更大的LD衰减距离。类似的，自然选择、遗传漂变导致的群体遗传多样性下降，也会减慢LD衰减的速度。

3）在染色体的位置染色体不同区域的LD衰减距离而是不同的。通常着丝粒区更难重组，所以LD衰减更慢。而基因组上那些受选择的区域相比普通的区域，LD衰减速度也是更慢的。

发现不止1000kb

用poplddecay画图时会返回有以下内容的文件，前两列是画图所需的的数据

其中列名#Dist、Mean_r^2在R语言中无法识别，所以首先要改列名

基础知识参考文章：

https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fwww.omicshare.com%2Fforum%2Fthread-878-1-1.html