R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图R语言绘图系列: 标度控制着数据到图形属性的映射,标度将我们的数据转化为视觉上可以感知的东西,比如大小、位置、颜色、形状等。标度也为我们提供了读图时所使用的工具,比如说坐标轴和图例。总的来说,可以称为引导元素。标度函数控制元素的属性,可2023-02-23Python230
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里?1、简单易学。Go语言的作者本身就很懂C语言,所以同样Go语言也会有C语言的基因,所以对于程序员来说,Go语言天生就会让人很熟悉,容易上手。2、并发性好。Go语言天生支持并发,可以充分利用多核,轻松地使用并发。 这是Go语言最大的特点2023-02-23Python150
R语言|亚组分析森林图-2 (基于生存率结果)但是,有些小伙伴想做某变量在所有亚组下的生存率,那就需要我们做很多组KM曲线,例如上图8个变量,若做KM曲线就要做17幅,会占用大量文章面积,得不偿失。 而亚组分析森林图能清晰、明了的总结研究变量在各个亚组的n年生存率差异。结合上期介绍2023-02-23Python210
R---数据以及数据的结构在R中,常见的数据类型一共有5种: 字符型character, 数值型numeric, 整形integer, 复数型complex, 逻辑型logical 还需要注意的是,如果我们直接输入1,2,3,4...得到的2023-02-23Python160
使用R语言完成一个关于血糖的数据分析,要求以及部分截图如下,求用的到哪些函数和要点函数是对一些程序语句的封装。换句话说,编写函数,可以减少人们对重复代码书写,从而让R脚本程序更为简洁,高效。同时也增加了可读性。一个函数往往完成一项特定的功能。例如,求标准差sd,求平均值,求生物多样性指数等。R数据分析,就是依靠调用各种函2023-02-23Python160
GSVA自定义基因集分析已经很久没有再用R语言跑过数据了,最近有朋友需要跑GSVA,顺便重温了下R,现将内容分享如下。 GSVA全名Gene set variation analysis(基因集变异分析),是一种非参数,无监督的算法。与GSEA不同,GSVA2023-02-23Python150
R语言初步-数据转换-4.mutate()函数mutate:变异 突变 改变 数据修改 紧接着创建新的列gain和speed 新创建的列同时也可以使用(但是保留的方法仍然是赋值给某个名称): 由于系统显示限制,最后一列没有展示出来,运行view()函数即可: 如果只想要2023-02-23Python180
转录组分析中—用R语言画带基因名标签的PCA主成分分析图 1. “PCA.data.txt”为基因表达值矩阵。其中第一列为基因名称,这里以ensembl id作为指代;其余各列记录了RNA-seq获得的各基因在各样本中的表达量信息。2. “group.t2023-02-23Python170
【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图前言: 仍然是三代测序数据的分析,宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图,用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。 1.读取数据 一共有11个样本,每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me2023-02-23Python120
Go语言能做什么?Go 语言被设计成一门应用于搭载 Web 服务器,存储集群或类似用途的巨型中央服务器的系统编程语言。对于高性能分布式系统领域而言,Go 语言无疑比大多数其它语言有着更高的开发效率。学习Go语言,可以说是很简单的,入门快,想学习Go语言,可以2023-02-23Python120
R语言自学笔记-3设置路径、R包操作#设置默认路径 #显示当前工作目录(软件默认使用工作目录) getwd() #修改默认工作目录 setwd(dir = "e:Rwork") #提示工作目录 getwd() #查看目录下包2023-02-23Python120
Go语言的优势有哪些1. 部署简单Go 编译生成的是一个静态可执行文件,除了glibc外没有其他外部依赖。这让部署变得异常方便:目标机器上只需要一个基础的系统和必要的管理、监控工具,完全不需要操心应用所需的各种包、库的依赖关系,大大减轻了维护的负担。2. 并发2023-02-23Python160
嵌套Venn图的绘制(R语言)如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多2023-02-23Python140
教你在线绘制circos图-简单!相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http:circos.ca)的2023-02-23Python140
为什么那么多人都说GO语言的发展前景很好,要趁早学习呢?因为与 CC++、Java、Python 等现在大多数的编程语言相比,Go 并没有那么多痛点,而且更具生产力,Go的高性能更加适应未来的互联网发展趋势,所以说GO语言是长远发展的必备利器,现在越早学习GO,获利越大,我是2年前就在慕课网学2023-02-23Python240
R语言处理PCR数据,一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过2023-02-23Python260
为什么要使用 Go 语言,Go 语言的优势在哪里已经有好多程序员都把Go语言描述为是一种所见即所得(WYSIWYG)的编程语言。这是说,代码要做的事和它在字面上表达的意思是完全一致的。 在这些新语言中,包含D,Go,Rust和Vala语言,Go曾一度出现在TIOBE的排行榜上面。与其他新2023-02-23Python120
GO文件中的注释信息是如何得到的一直很好奇GO注释文件中的信息是如何得到的,终于在《The Gene Ontology Handbook》中找到了答案。 GO的原始文件可以分为两部分:ontology和association files。 该文件以obo格式储存,2023-02-23Python160
为什么要使用 Go 语言?Go 语言的优势在哪里?1、简单易学。Go语言的作者本身就很懂C语言,所以同样Go语言也会有C语言的基因,所以对于程序员来说,Go语言天生就会让人很熟悉,容易上手。2、并发性好。Go语言天生支持并发,可以充分利用多核,轻松地使用并发。 这是Go语言最大的特点2023-02-23Python160
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一2023-02-23Python160