用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须,可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。这个包里是
Python160
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析

目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的操作,使用包自带的数据。 我们需要去除过高和过低深
Python260
R语言常用函数

R语言常用函数

1.判断存在:一个元素是不是在向量中用a%in%b &gta="TT" &gtb=c("AA","AT","TT") &
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请问这是什么猫咪?

请问这是什么猫咪?

1.属于玳瑁猫。是中华田园猫的一种。玳瑁猫是一种全身毛色混杂的猫,基本由黑、白、黄三种颜色组成,但也有单单是黑黄两色的,没有什么规律可言。在中华田园猫当中属于一个比较独特的品种。玳瑁猫跟其他的中华田园猫一样,也是以颜色命名的。2.玳瑁猫(
Python160
r语言如何将直方图x轴的组距

r语言如何将直方图x轴的组距

在绘制直方图时,大家可以使用hist(x)这个函数,其中x就是需要进行可视化的数据,当然这个函数还有一个参数就是freq,其默认设置是freq=NULL。当freq=FALSE时,其纵坐标是以概率的形式呈现,而freq=TRUE时则是频率作
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用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析

目录 在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。 和前文一样的操作,使用包自带的数据。 我们需要去除过高和过低深
Python160
数据挖掘 R语言实现

数据挖掘 R语言实现

R的内存管理太烂了,因为很少给程序员管理的权限,这样一来操作系统懒加上R也懒导致常常读入大数据时内存瞬间用完,导致这个R session被强制退出。解决办法就是把常用的大数据提前放在共享内存里。Rmpi,snow,multicore: 平行
Python100
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.5 vcf可视化1

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.5 vcf可视化1

目录 本文介绍的案例和方法简介里一样,但是会有更加详细的说明。 和之前一样使用 pinfsc50 包里的数据。vcf数据,参考序列的fasta数据,还有gff格式的注释数据。 然后蹦出来一段警告文create.chrom
Python180
怎么学习用 R 语言进行数据挖掘

怎么学习用 R 语言进行数据挖掘

学习数据挖掘光会用R里的package是不够的。如果给你一个真实的dataset(不是书里给你做练习用的数据),你怎么选择模型呢?建议楼主先不要纠结于R语言怎么用,而是先学习一下各个算法的原理和优劣。都弄清楚了以后再选任意一门语言上手都是很
Python150
用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须,可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。这个包里是
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用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须,可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。这个包里是
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用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须,可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。这个包里是
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用R语言对vcf文件进行数据挖掘.5 vcf可视化1

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.5 vcf可视化1

目录 本文介绍的案例和方法简介里一样,但是会有更加详细的说明。 和之前一样使用 pinfsc50 包里的数据。vcf数据,参考序列的fasta数据,还有gff格式的注释数据。 然后蹦出来一段警告文create.chrom
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用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

用R语言对vcf文件进行数据挖掘.2 方法简介

目录vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须,可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。这个包里是
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