macbookair2020支持随航吗支持_С帧八婧健钡幕_Pad 机型:_Pad mini(第 5 代及后续机型)_Pad(第 6 代及后续机型)_Pad Air(第 3 代及后续机型)_Pad Pro(所有机型)_ac 机型:_acBook Pro(2016 年及以后推出的2023-05-27新手学堂310
R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO,当然少不了KEGG了。 同样的,我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果。 对于KEGG,我比较喜欢做气泡图,这样用两种形式的图结合在一起,效果更丰富更2023-04-26Python160
RNA-seq 分析之我见(一)先说下生物体内RNA的大致组成: 编码RNA:根据中心法则我们知道,DNA转录为mRNA,mRNA通过tRNA翻译为蛋白质,蛋白质行使生命功能,例如呼吸,运动,消化等等。人类只有2万左右个蛋白质编码基因,这些编码基因只占人类全基因组的22023-04-19Python250
【原创】R语言实战:AnnoProbe安装和使用笔记 2020-11-21想要给一个转录组测序结果添加注释信息,尤其是“转录本类型”信息,这样便于我之后分析时重点关注“protein coding”的转录本。于是就搜索发现了建明老师开发的这个神奇的包AnnoProbe。看了一下笔记很好安装的样子,结果遭遇了很多问2023-04-07Python170
使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的,期望获得某个转录因子的功能,查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录,以及更高级的分析识别该转录因子的motif位点等,就可通过ChIP-seq来实现。 作了C2023-03-22Python190
R IN ACTION SELF-TUTORIAL-46 进化树工具ggtree的配套工具treeio的安装 2020-11-04Bioconductor version: Release (3.12) 'treeio' is an R package to make it easier to import and store phylogen2023-03-20Python210
教你在线绘制circos图-简单!相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http:circos.ca)的2023-03-11Python190
【R语言】绘制误差线图+数据分布+显著性分析写在前面绘制一个生物学研究中最普遍的图,误差线图+数据分布+显著性分析。 自行编写一个数据集,无实际意义。 最后出图的效果: 我选的都是随机数据,没有差异也算是意料之内把。 参考链接: 1. https:2023-03-09Python170
【单细胞转录组】将序列UMI映射到细胞聚类分群10X V5转录组vdj分析中,因为有 一段特殊基因序列比对不上参考基因组 ,所以bam文件没有这个barcode信息。需要把R2的这段序列,根据序列ID从R1中找出 R2序列与R1 barcode和UMI的 对应关系,然后做UMI去重,2023-03-07Python220
绘制差异基因kegg注释图“差异基因kegg注释图”是转录组分析结果的重要组成部分,能够帮助大家了解差异基因分属于哪些代谢通路,文章中如果能够插入下面这类图来说明样品间的差异,一定会为你的文章增色不少。 下面给大家介绍一下如何在Windows下对差异基因进行ke2023-03-05Python160
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一2023-03-05Python150
怎么用r语言分析rnaseq数据seq函数是产生序列用的他的用法是seq(from,to,by)或者是seq(下界,by=,length=) 下面是用r运行的结果 seq(2,6,2) [1] 2 4 6 seq(10,by=2,length=5) [1] 10 12 12023-03-05Python240
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题前面我给大家详细介绍过☞GO简介及GO富集结果解读 ☞四种GO富集柱形图、气泡图解读 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图 ☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图 ☞DAVID G2023-03-04Python200
python分析单细胞数据,多细胞去除的模块hi,各位道友,上次我们介绍了R包DoubletFinder用于去除多细胞 那么python是否也有类似的模块去除多细胞呢,答案是有的。这次我们就来使用一下python模块去除多细胞 Single-Cell Remover of D2023-03-03Python370
【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数前言: 在构建ceRNA 网络时,需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene(pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢? 2.获得mRNA的表达矩阵 4个基因在100个样本的表达量矩阵: 32023-03-03Python190
R 数据可视化 —— circlize 基因组绘图函数创建基因组数据的绘图区域的函数是circos.genomicTrack() ,或者circos.genomicTrackPlotRegions() 。 其实用方式类似于circos.track()函数,可以使用pan2023-03-03Python130
教你在线绘制circos图-简单!相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http:circos.ca)的2023-02-27Python180
【R语言编程】---根据表达量计算mRNA与lncRNA的皮尔森相关系数前言: 在构建ceRNA 网络时,需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene(pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢? 2.获得mRNA的表达矩阵 4个基因在100个样本的表达量矩阵: 32023-02-27Python150
R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表2023-02-27Python150
如何提取拟南芥(或非模式物种)基因的启动子序列_基于R对于提取序列来说,我们一般会选择用samtools、bedtools等,因为他们有非常完善的操作 序列 的功能,比如取两个bed文件的交集,提取某段序列等等。但实际上,他们对于 区间 的操作是不如R方便的,比如取基因body,取第一个外显2023-02-27Python160