R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO,当然少不了KEGG了。 同样的,我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果。 对于KEGG,我比较喜欢做气泡图,这样用两种形式的图结合在一起,效果更丰富更2023-02-24Python210
R语言可视化通路富集网络图我们输入的数据包含 gene ID 和 vector(单样本)部分,这里的 gene ID 是一个通用概念,可以是基因、转录本、酶或蛋白质。这里的 vector 可以是样本的表达量、倍数变化, p-value, 组蛋白修饰数据等可测量的属2023-02-24Python170
请大家和我讲讲生物信息学和编程的关系~生物信息学编程,任何计算机语言都可以,语言是工具,人脑思想才是核心。不过,python语言有点小众,我还是建议你用c语言或者c++,这样编写的程序可以方便移植到linux里面,文章仅是记录自己的学习使用,有错误请指出,我立刻改正 在对比2023-02-24Python240
R语言安装第三方包的方法从CRAN( https:cran.r-project.org ) 安装第三方包的方法: 从bioconductor( http:www.bioconductor.org ) 安装第三方包的方法: 直接从Github(2023-02-24Python300
转录组分析中—用R语言画带基因名标签的PCA主成分分析图 1. “PCA.data.txt”为基因表达值矩阵。其中第一列为基因名称,这里以ensembl id作为指代;其余各列记录了RNA-seq获得的各基因在各样本中的表达量信息。2. “group.t2023-02-24Python170
哪些生物学方法能验证酶表达差异的基因的表达是dna-rna-蛋白,期间有转录水平调控、转录后调控、翻译后调控等多种调控机制影响该基因的表达.所以蛋白水平高低的原因就可能是多方面的.蛋白表达多,可能是mrna多,也可能mrna变化不大,而是翻译多了;蛋白表达少,原因亦然.从2023-02-24Python180
网络数据的统计分析-R语言实战资料:《Statistical Analysis of Network Data with R》 语言R常见的网络分析包: 网络分析研究大部分是描述性的工作。 网络的可视化 即是一门艺术,也是一门科学。 三元闭包体现了社会2023-02-23Python100
教你在线绘制circos图-简单!相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http:circos.ca)的2023-02-23Python140
R语言处理PCR数据,一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断PCR数据要有三列,一列是组名,一列是内参基因的CT值,一列是目的基因的CT值,计算方法是-2 ∆∆Ct法,实现一步出图用的是 ggpubr ,实现截断则是Y叔出手的 ggbreak以前很少有包可以完美实现这个功能,我以前写过2023-02-23Python260
【R语言】绘制误差线图+数据分布+显著性分析写在前面绘制一个生物学研究中最普遍的图,误差线图+数据分布+显著性分析。 自行编写一个数据集,无实际意义。 最后出图的效果: 我选的都是随机数据,没有差异也算是意料之内把。 参考链接: 1. https:2023-02-23Python170
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磁带转录的方法 如何把磁带里的录音转录到电脑里1、首先准备一条音频线,将电脑的音频输入口与录音机的音频输出口相连。2、电脑中要装有录音软件(比如Audition等)。3、打开录音软件,按“录音”按钮,用录音机播放磁带。4、将录制好的音频保存为mp3或其他格式。分类:电脑2023-02-23电脑教程270
ggplot2高效实用指南文章较长,点击直达我的 博客 ,浏览效果更好。 本文内容基本是来源于 STHDA ,这是一份十分详细的 ggplot2 使用指南,因此我将其翻译成中文,一是有助于我自己学习理解,另外其他R语言爱好者或者可视化爱好者可以用来学习。翻译过2023-02-23Python100
【原创】R语言实战:AnnoProbe安装和使用笔记 2020-11-21想要给一个转录组测序结果添加注释信息,尤其是“转录本类型”信息,这样便于我之后分析时重点关注“protein coding”的转录本。于是就搜索发现了建明老师开发的这个神奇的包AnnoProbe。看了一下笔记很好安装的样子,结果遭遇了很多问2023-02-22Python130
如何通过一致性聚类实现对表达谱数据的亚型分类通过ConsensusClusterPlus包对基因表达谱执行一致性聚类(Consensus Clustering)在大样本的组学分析中,经常需要讨论样本的分子分型。文章中最常见的方法,就是使用一种叫一致性2023-02-22Python120
利用gff提取某个基因的最长转录本(Python实现)from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord import gffutils import re ##2023-02-15Python190
centos7安装R语言(epel-release源)本文介绍在centos7下通过epel-release源安装R语言,此方法简单粗暴,类似于ubuntu下的sudo apt-get install r-base,值得拥有,具体步骤如下: 1、安装epel-release,执行命令2023-02-14Python250