对于提取序列来说，我们一般会选择用samtools、bedtools等，因为他们有非常完善的操作 序列 的功能，比如取两个bed文件的交集，提取某段序列等等。但实际上，他们对于 区间 的操作是不如R方便的，比如取基因body，取第一个外显子，取启动子区域等等。所以，我们有时候就会想能否在R里面，花式找了些区间之后，提取他们的序列，实际上，这也是可以的，需要分成几步。
首先我们需要先加载一些包
然后是提取基因的区间
然后根据基因区域来提取启动子序列
这里就出现了一个坑了，就是你在用Txdb包的时候，出现了warning，但用自建gtf构建的Txdb没有出现了warning。实际上，这种warning是因为你的区间取过界了。
而promoter_gtf没有报错是因为他不知道 你的染色体的长度范围在哪里 。
所以下面我的操作都是基于promoter_gtf，这样还可以应用在 非模式物种 里面。首先你在构建Txdb的时候就需要给他传进去染色体长度了。但你怎么知道每条染色体是多长呢，这就需要你的fai文件了。fai文件是给基因组fa做索引的时候出现的，没有的话你可以直接用samtools faidx做下。
然后我们就可以在构建的时候手动输进对应的长度了，但这只是拟南芥这个组装完整的基因组，如果是一些非模式物种，scaffold级别的话，就会有数百条染色体长度了，根本不可能手动输。所以我们还需要读进R里面进行一些操作。
这样我们提取启动子序列的时候就会报错了
然后我们只取前2个基因出来看看效果
安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着，但是没有专门整理一下，前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了，因为碰见了好多坑，于是在这里专门整理一下，方便自己和他人查看
到这里已经没太有耐心了，然后开始查原因，后面应该加一个 type = "binary"
再试一下
成功解决，安装 XML 时同样也是这个问题 ，跟上面是一种解决方式
安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了
解决办法
解决：去 lib_PATH下把lock文件删掉
这里是 问题 5 的 参考
老版本R，在这里MARK以下
虽然讨论了一些R包安装问题，但这应（jue）该（dui）不会是我最后一次安装报错，以后再遇到会更新的
有些时候我们需要知道转录本长度，比如在使用RNA-seq计算FPKM的时候，为了准确地评估不同基因的表达量，一般是用覆盖该基因/转录本的总reads数除以基因/转录本的长度，有些时候我们需要知道基因编码区的长度，比如在使用VAAST评估致病候选基因的时候，有些基因因为编码区特别长（如TTN）总是排名靠前，如果考虑到它的编码区长度后，排序将会更加科学。 那么怎样获得基因编码区长度呢？这个问题看起来比较简单，只要将每个外显子的长度加起来就可以了，对于单个转录本可以通过NCBI的CCDS数据库查询，但是基因有多个转录本，每个转录本的编码区有重合，所以基因编码区不是每个转录本编码区的简单相加，所以要想准确地获得每个基因的编码区长度并不容易，而且目前并没有现成的数据库，经过游侠在网上摸索后将相关方法整理如下，供大家参考。首先从sanger网站下载基因注释文件GTF，ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_19/gencode.v19.annotation.gtf.gz。然后在R中使用GenomicFeatures工具包。library(GenomicFeatures)txdb <- makeTranscriptDbFromGFF("yourFile.gtf",format="gtf")收集每个基因的编码区编号exons.list.per.gene <-cdsBy(txdb,by="gene")通过reduce函数避免重复计算重叠区exonic.gene.sizes <- lapply(exons.list.per.gene,function(x){sum(width(reduce(x)))})生成的gene ID为ensemble编号，可以通过https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2dbRes.php，转换为gene symbol。另外游侠已经处理好了人类所有基因的编码区长度，如果有需要的话，可以在微信号留言索取。基因检测与解读(gh_561c4ccc5356)
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