qRT-PCR差异分析及P值计算
qRT-PCR是一种相对表达定量的方法，他的计算方法有很多，常用的相对定量数据分析方法是KJ Livak（Applied Biosystems）等人在2001年提出的“比较Ct法相对定量”，即：利用ΔCt值差异来推算基因表达差异（Ct目的基
推荐阅读
热门文章
《R语言实战》自学笔记44-t检验
数据准备t检验，亦称student t检验（Student's t test），主要用于样本含量较小（例如n <30），总体标准差σ未知的正态分布。t检验是用t分布理论来推论差异发生的概率，从而比较两个平均
R语言初学笔记：差异表达基因
setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中，分组信息第一列为样本名，第二列为分组信息如“high”“low” targ
嵌套Venn图的绘制（R语言）
如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩（Venn）图是常见统计图之一，用于展示各样本（或分组）之间共有（或特有）元素的数量（或比例）。例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多
R语言-T检验、秩和检验、百分比检验、卡方检验
T检验：符合正态分布的数据用T检验 秩和检验：不满足正态分布的数据用秩和检验 正态分布的检验 非正态分布 非正态分布中值比均值有意义 如果点在直线两侧则为正态分布。图示为非正态分布 wilcox.test(变量1,变
“对称散点图”的绘制（R语言）
转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。的确，火山图是使用频率最多的，在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值，识别和判断差异表达基因概况。火山图实质
使用R语言进行协整关系检验
使用R语言进行协整关系检验协整检验是为了检验非平稳序列的因果关系，协整检验是解决伪回归为问题的重要方法。首先回归伪回归例子：伪回归Spurious regression伪回归方程的拟合优度、显著性水平等指标都很好，但是其残差序列是一个非平稳
lefse分析LDA可以设为2.5吗
lefse分析LDA可以设为2.5。当出现超过两类的情况时，可以使用由费舍尔判别派生出的分析方法，它延伸为寻找一个保留了所有类的变化性的子空间。这是由 C.R.Rao 总结出来的。假设，C个类中每一个类都有均值和相同的协方差。在对自变量
R语言进行最小显著性差异分析 （LSD）
形式如下： 输出文件如下 前面几篇通过参数检验和非参数检验对多组数据进行检验后，发现有差异，那么究竟是哪几个之间有差异，这就涉及到本篇所讲的事后检验或者事后两两检验。真如前面几篇中写的，事后检验和comp
![[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle](/aiimages/%5BR%E8%AF%AD%E8%A8%80%5D+GO%E5%AF%8C%E9%9B%86%E5%88%86%E6%9E%90%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96+GOplot%3A%3AGOCircle.png)
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle
查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理观察结论：观察自己的两个数据表：table.legend 设置为T时会显示表格 本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包如何在差异基因V
火山图基因差异表达怎么制作'r语言
今天就先来聊聊如何看差异表达基因数据，火山图，聚类图又怎么看。1差异基因筛选方法那差异基因是如何筛选出来的呢？差异基因的筛选方法有很多，包括倍数法、T检验、F检验及SAM等。下面简单介绍一下GCBI上用的倍数法和SAM法。倍数法适用于没有生
Python 模拟32bit 浮点数运算
01 “如将Python中的浮点数运算精度限制到32位？” 为什要提出这么怪异的问题。存在即合理~~ 提出这个问题的原因是，在用python模拟32位MCU上的程序时，发现两者的结果有差异。而差异的地方就是重点。 秉持这
r语言中，t检验里的mu是什么意思
mua number indicating the true value of the mean (or difference in means if you are performing a two sample test). 平均值如果
R语言初学笔记：差异表达基因
setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中，分组信息第一列为样本名，第二列为分组信息如“high”“low” targ
统计方法的选择（4）--事后检验
前面几篇通过参数检验和非参数检验对多组数据进行检验后，发现有差异，那么究竟是哪几个之间有差异，这就涉及到本篇所讲的事后检验或者事后两两检验。真如前面几篇中写的，事后检验和compare_means()和stat_compare_means(
数据分析用r还是python
使用Python：Python最初是作为用于软件开发的编程语言开发的（后来添加了数据分析工具），因此具有计算机科学或软件开发背景的人们可能会更舒适地使用它。因此，从其他流行的编程语言（例如Java或C ++）到Python的过渡比从那些
R语言怎么画污染等级日历图
导入数据：library(openair)setwd("文件存储地址如：C:Program FilesRStudioR")Sys.setlocale("LC_TIME","Engli
《R语言实战》自学笔记60-双因素方差分析
数据准备 结果可视化方法1：interaction.plot()函数来展示双因素方差分析的交互效应。图形解读：无论哪个品种，v1值均是N2显著高于N1，品种来看，a品种显著高于b品种。方法2：gplots
【R语言】--- 散点图
散点图是将所有的数据以点的形式展现在直角坐标系上，以显示变量之间的相互影响程度，点的位置由变量的数值决定，每个点对应一个 X 和 Y 轴点坐标。散点图可以用R自带的plot()函数绘制，也可以用ggplot2包的geom_point()和
为什么python有两个不同的版本,并且语法规范什么的都不相通呢?
Python有两个主要版本——Python 2和Python 3。这两个版本有一些重要的区别，尽管它们都是Python语言。Python 2最初于2000年发布，Python 3最初于2008年发布。Python 2和Python 3的主要