R语言 -- 寻找差异甲基化区域(DMR)-- DSS 包最好的文档其实还是官方文档。。。 http:bioconductor.orgpackagesreleasebiocvignettesDSSinstdocDSS.html#3_Using_DSS_for_BS-seq_di2023-03-02Python130
R语言与统计-1:t检验与秩和检验一般根据数据是否符合正态分布,选择合适的统计方法: T检验,亦称student t检验(Student's t test),主要用于样本含量较小(例如n<30),总体标准差σ未知的正态分布资料。t检验是用t分布理2023-03-01Python180
Python数据分析之方差分析设某苗圃对一花木种子制定了5种不同的处理方法,每种方法处理了6粒种子进行育苗试验。一年后观察苗高获得资料如下表。已知除处理方法不同外,其他育苗条件相同且苗高的分布近似于正态、等方差,试以95%的可靠性判断种子的处理方法对苗木生长是否有显著影2023-02-28Python140
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-28Python140
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-28Python160
GSEA基因富集分析R语言版官方github地址1.安装 library("devtools") install_github("GSEA-MSigDBGSEA_R") 2.查看说明文档 ??GSEA:2023-02-27Python130
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-27Python150
R语言中 all.equal(sqrt(2)^2,2)表示什么?【MATLAB】用surf函数画出来的图 叫surf 三维着色表面图、三维表面图、表面图。比如:xi=-10:0.5:10yi=-10:0.5:10[x,y]=meshgrid(xi,yi)z=sin(sqrt(x.^2+y.^2)2023-02-27Python250
R语言 subset函数假设你的向量v是v <- sample(100, replace = T)那么v就有100个从1 到100的数(可以有重复)你若想挑出50到100的那些,可以这么做ind <- v >= 50 &2023-02-27Python140
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-27Python190
R语言:有关差异分析的检验方法1 读取,计算均值,箱图观察 2 查看数据分布 2.1 hist直方图 2.2 qqnorm散点图 3 Shapiro-Wilk正态性检验 4 方差齐性检验意义:方差分析就是在大家误差水平2023-02-27Python130
R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度 协同变化 的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表2023-02-27Python150
嵌套Venn图的绘制(R语言)如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多2023-02-27Python120
“对称散点图”的绘制(R语言)转录组分析中,计算了两组间差异表达的基因后,通常怎样表示?您可能第一时间想到可以使用火山图。的确,火山图是使用频率最多的,在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值,识别和判断差异表达基因概况。火山图实质2023-02-27Python150
lefse分析LDA可以设为2.5吗lefse分析LDA可以设为2.5。当出现超过两类的情况时,可以使用由费舍尔判别派生出的分析方法,它延伸为寻找一个保留了所有类的变化性的子空间。这是由 C.R.Rao 总结出来的。假设,C个类中每一个类都有均值和相同的协方差。在对自变量2023-02-27Python220
R语言DESeq2基因差异表达分析经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需2023-02-27Python140
嵌套Venn图的绘制(R语言)如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多2023-02-27Python160
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-27Python640
求bartlett.test的R语言源代码bartlett=function (x, g) { if (length(x) != length(g))stop("'x' and 'g' must have the same le2023-02-27Python90
Java 可不可以做图像识别的系统当然可以。一、纯JAVA开发的技术可行性,即JAVA是否能够实现图像识别的各种算法。二、如果第一点没有问题,纯JAVA与C++相比,开发效率上的差异。效率要低很多,和具体问题有关。三、如果第一点没有问题且第二点差异不太大时,纯JAVA与C+2023-02-27Python140