使用R获取DNA的反向互补序列

Python020

使用R获取DNA的反向互补序列,第1张

前面跟大家聊了一下 ☞R如何reverse一个字符串 ，其实这个只能实现反向，那怎么样才能实现互补呢？其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。有很多网页工具都能够实现，我随便在网上搜了一下就找到3个。我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题，帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例

如果大家只是想解决这个问题，可以使用下面提到的三个网页工具

1. https://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

将你的序列贴进对话框，点击SUBMIT就能得到方向互补序列

2. https://arep.med.harvard.edu/labgc/adnan/projects/Utilities/revcomp.html

你会发现这个工具不仅可以得到反向互补序列，还可以得到反向序列，互补序列，看你自己的需求是什么。将你的序列贴进对话框，点击reverse complement就能得到反向互补序列

3. http://www.cellbiol.com/cgi-bin/complement/rev_comp.cgi

将你的序列贴进对话框，点击Do the Job!就可以得到反向互补序列了

接下来我们用R语言来实现这个功能，我还是给大家介绍两种不同的方法。一种是比较原始一点的方法。第二种是站在前人的肩膀上，使用已有的R包来实现。

1.使用strsplit，rev，paste等R自带的函数来实现

2.使用mgsub包中的mgsub函数

参考资料： R如何reverse一个字符串

1.检查SAS许可是否限制了系统选项。

proc options restrict

run

一般结果都会提示SAS options没有收到限制。

2.检查是否禁止了SAS调用R选项，一般默认是禁止的。

proc options option=Rlang

run

3.在SAS配置文件里添加「-Rlang」。注意默认的配置文件是英文版本，若想各个版本都能调用R，请在nls文件下的所有CFG文件里都添加「-Rlang」。

4.开启SAS调用R选项。

proc options option=RLANG

run

5. 可以用SAS愉快的调戏R了。

比如，玩一下R的抽样函数sample。注意其中蓝色的字是固定的语法，就像一个夹板，夹住R语句。

proc iml

submit / R

sample(c("Prof. Zhang","Dr. Wang" , "Brother Gu"), 1)

endsubmit

quit

SAS的output直接反馈的结果如下：

再比如，玩一下R的结构函数 str。

proc iml

run ExportDataSetToR("Sashelp.Class", "df" )

submit / R

str(df)

endsubmit

quit

SAS output的结果如下：

注意，其中我们用了 run ExportDataSetToR进行SAS和R之间的数据交换。类型的还有：

当然，我们也可以把数据从R倒到SAS，那就是ImportDataSetFromR。

不过，需要留意SAS和R有版本的对应的关系。

对于在SAS调用R，我能想到的使用场景就是：

调用R里一些独特的包和函数，方便快捷的实现某些功能。

比如，你可以在SAS里试试ggplot2的画图。

proc iml

submit/R

library(ggplot2)

qplot(carat, price, data = diamonds, color= color)

endsubmit

*quit

如此，你就可以在SAS里看到酷炫的ggplot2画图效果。

2.做一些SAS和R的教学，演示和比较。

接着上面的，赶紧补一个SAS版的图，代码和效果可以有一个比较。

proc sgplot data=diamonds noborder

scatter x=carat y=price/group=color markerattrs=(size=3)

keylegend / position=right across=1 noopaque noborder

run

SAS默认效果确实是丑，SAS的伙伴不要恨我。如果想画SAS 美图，可以翻翻我的「你没见过的SAS绘图系列教程」

SAS绘图是不真的又难又丑啊？

如何用SAS画正态、t、卡方以及F分布曲线？

多图预警：如何又快又美地用SAS画各种统计图形？

一图看尽丑小鸭变白天鹅全过程，手把手教你SAS画图！

怎么画一个丰满又美丽的生存分析K-M曲线图？

另外两种：请google

%PROC_R: A SAS Macro that Enables Native R Programming in the Base SAS Environment

Open Source Integration Using the Base SAS® Java Object

也许有童鞋会问，那么，有没有可以在R调用SAS的方法？好像是有的，R有一个包叫「R2SAS」，好像可以实现。但是，作者在2011年PO了一篇文章后，一直没看到包的下载地址和后续消息。

最后，按常规，关注「StatsThinking」，回复「SASCR」获取彩蛋。