组内相关系数的意义及R语言实现

Python016

组内相关系数的意义及R语言实现,第1张

组内相关系数(intra-class correlation coefficient, ICC)的用途、类型以及计算。 ICC常用于衡量某个指标(比如,皮层厚度)在多次测量中的一致性/相似性(即信度)。在概念上,ICC等于真实的(被试间)变异除以观测的变异,观测的变异等于真实的变异加上噪声变异。比如,ICC=0.5表示真实变异和噪声变异相同。ICC越高,表明观测/测量越可靠。ICC的理论范围在0-1,一般地,ICC位于0-0.5之间表示信度差,0.5-0.75表示中等,0.75-0.9表示好,0.9-1表示极好(也存在其他分类标准)。 信度的现实意义在于,如果信度低,那么对于检测同样的效果量,需要更大的样本量 根据如何计算ICC,可以分为三个类型,即ICC(1,1), ICC(2,1)和ICC(3,1)。ICC(2,1)也表示为ICC(A,1),ICC(3,1)也表示为ICC(C,1)。在MRI脑成像中,ICC(2,1)似乎是最常用的。ICC(2,1)和ICC(3,1)的区别在于是否考虑多次测量之间的系统性噪声,直观来说,就是ICC(2,1)对变量的均值敏感,ICC(3,1)对变量的均值不敏感。作为对比,熟知的皮尔逊相关系数对于变量的均值和方差都不敏感,只对变量之间的协方差敏感。 在具体估计方法上,常见的有ANOVA和LME(linear mixed-effects)两种。LME的好处是不会出现ICC<0的情况,以及可以处理存在缺失值/协变量的情况。

知道是用lme4中的lmer函数,可是结果怎么解释啊,比如

summary(lme(Gmax~1,na.omit(RLC[RLC$Date.set==herbs,]),random = ~1Plant/Species))

Linear mixed-effects model fit by REML

Data: na.omit(RLC[RLC$Date.set == herbs, ])

AIC BIC logLik

4186.307 4199.48 -2089.154

Random effects:

Formula: ~1 Plant

(Intercept)

StdDev: 0.5173468