【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

Python014

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题,第1张

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

1. 开始→程序→Microsoft Word→选“模板”→确定→选“演示文稿设计”卡片→“彩晕型模板” →“确定”选第一行第二列的幻灯片→确定。2.将工具栏的“50%”改为“66%”3.插入→文本框→文本框→在幻灯片左上角单击→输入“计算机世界”→在其他地方单击。4.单击底部的“自选图形”→单击“基本”基本选梯形→在页面左下角拖动鼠标,形成梯形→在梯形上单击右键→选“添加文本”→输入“梯形”→在其他地方单击。5.单击标题文字→选中标题文字→在文字上击右键→选复制,在副标题处击右键,选粘贴。6.在框上击右键→设置文本框格式→“位置”卡片→将“水平”、“垂直”中的数改为“15”→确定。7.选中文字“计算机专业方向”,在文字上击“右键”→选字体→将宋体改为楷体,字号改为80,效果中选下划线,颜色改为红色→确定。8.选中带项目符号的文字,在文字上击右键→选项目符合→把颜色改为绿色→确定。9.选中文字→格式→行距→把行距改为1.50→确定。10.视图→页眉页脚→选“自动更新”,改日期格式→选幻灯片编号→把“页脚”去掉→击“全部应用”。11.视图→母版→幻灯片母版12.在桌面上双击Powerpoint图标→选“内容提示向导”→确定→下一步→选“常规”→下一步→下一步→下一步→完成。13.格式→背景→选颜色为“黄色”→再击“ ”,选“填充效果”,选“双色”,“斜上”→确定→全部应用。14、在幻灯片上击“右键”→选“应用设计模板”→选“草地型模板”→应用15、在底部击“反选图形”→击“基本形状”→选“笑脸”→在幻灯片上拖运鼠标,画出笑脸→在图像上击右键→击“设置自选图形格式”→选“位置”卡片把水平、垂直均改为8.5→确定16、在五角星上击“右键”→选“设置的选图形格式”将填充颜色改为红色→选中“半透明”→确定17、击底部从右边数第二个图标,选“阴影设置”,击“阴影设置”中左数第5个图标,然后击第6个图标选红色18、击底部从右边数第一个图标,选第三行第二列的图标19、在图形上击“右键”,选复制,在其他的地方击右键选“粘贴”在图形上击右键,选“设置自选图形格式”→选“位置”卡片将水平、垂直按要求改数。20、在图形上击右键,选“设置自选图形格式”→选“大小”卡面,将旋转改为45度→确定