PCA(主成分分析)python实现

Python014

PCA(主成分分析)python实现,第1张

回顾了下PCA的步骤,并用python实现。深刻的发现当年学的特征特征向量好强大。

PCA是一种无监督的学习方式,是一种很常用的降维方法。在数据信息损失最小的情况下,将数据的特征数量由n,通过映射到另一个空间的方式,变为k(k<n)。

这里用一个2维的数据来说明PCA,选择2维的数据是因为2维的比较容易画图。

这是数据:

画个图看看分布情况:

协方差的定义为:

假设n为数据的特征数,那么协方差矩阵M, 为一个n n的矩阵,其中Mij为第i和第j个特征的协方差,对角线是各个特征的方差。

在我们的数据中,n=2,所以协方差矩阵是2 2的,

通过numpy我们可以很方便的得到:

得到cov的结果为:

array([[ 0.61655556, 0.61544444],

[ 0.61544444, 0.71655556]])

由于我们之前已经做过normalization,因此对于我们来说,

这个矩阵就是 data*data的转置矩阵。

得到结果:

matrix([[ 5.549, 5.539],

[ 5.539, 6.449]])

我们发现,其实协方差矩阵和散度矩阵关系密切,散度矩阵 就是协方差矩阵乘以(总数据量-1)。因此他们的 特征根 特征向量 是一样的。这里值得注意的一点就是,散度矩阵是 SVD奇异值分解 的一步,因此PCA和SVD是有很大联系的,他们的关系这里就不详细谈了,以后有机会再写下。

用numpy计算特征根和特征向量很简单,

但是他们代表的意义非常有意思,让我们将特征向量加到我们原来的图里:

其中红线就是特征向量。有几点值得注意:

蓝色的三角形就是经过坐标变换后得到的新点,其实他就是红色原点投影到红线、蓝线形成的。

得到特征值和特征向量之后,我们可以根据 特征值 的大小,从大到小的选择K个特征值对应的特征向量。

这个用python的实现也很简单:

从eig_pairs选取前k个特征向量就行。这里,我们只有两个特征向量,选一个最大的。

主要将原来的数据乘以经过筛选的特征向量组成的特征矩阵之后,就可以得到新的数据了。

output:

数据果然变成了一维的数据。

最后我们通过画图来理解下数据经过PCA到底发生了什么。

绿色的五角星是PCA处理过后得到的一维数据,为了能跟以前的图对比,将他们的高度定位1.2,其实就是红色圆点投影到蓝色线之后形成的点。这就是PCA,通过选择特征根向量,形成新的坐标系,然后数据投影到这个新的坐标系,在尽可能少的丢失信息的基础上实现降维。

通过上述几步的处理,我们简单的实现了PCA第一个2维数据的处理,但是原理就是这样,我们可以很轻易的就依此实现多维的。

用sklearn的PCA与我们的pca做个比较:

得到结果:

用我们的pca试试

得到结果:

完全一致,完美~

值得一提的是,sklearn中PCA的实现,用了部分SVD的结果,果然他们因缘匪浅。

首先2个包:

import numpy as np

from sklearn.decomposition import PCA

然后一个m x n 的矩阵,n为维度,这里设为x。

n_components = 12 是自己可以设的。

pca = PCA(n_components=12)

pca.fit(x)

PCA(copy=True, iterated_power='auto', n_components=12, random_state=None,

  svd_solver='auto', tol=0.0, whiten=False)

float_formatter = lambda x: "%.2f" % x

np.set_printoptions(formatter={'float_kind':float_formatter})

print 'explained variance ratio:'

print pca.explained_variance_ratio_

print 'cumulative sum:'

print pca.explained_variance_ratio_.cumsum()

一般步骤来实现PCA算法

(1)零均值化

假如原始数据集为矩阵dataMat,dataMat中每一行代表一个样本,每一列代表同一个特征。零均值化就是求每一列的平均值,然后该列上的所有数都减去这个均值。也就是说,这里零均值化是对每一个特征而言的,零均值化都,每个特征的均值变成0。实现代码如下:

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def zeroMean(dataMat):

meanVal=np.mean(dataMat,axis=0)     #按列求均值,即求各个特征的均值

newData=dataMat-meanVal

return newData,meanVal

函数中用numpy中的mean方法来求均值,axis=0表示按列求均值。

该函数返回两个变量,newData是零均值化后的数据,meanVal是每个特征的均值,是给后面重构数据用的。

(2)求协方差矩阵

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newData,meanVal=zeroMean(dataMat)

covMat=np.cov(newData,rowvar=0)

numpy中的cov函数用于求协方差矩阵,参数rowvar很重要!若rowvar=0,说明传入的数据一行代表一个样本,若非0,说明传入的数据一列代表一个样本。因为newData每一行代表一个样本,所以将rowvar设置为0。

covMat即所求的协方差矩阵。

(3)求特征值、特征矩阵

调用numpy中的线性代数模块linalg中的eig函数,可以直接由covMat求得特征值和特征向量:

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eigVals,eigVects=np.linalg.eig(np.mat(covMat))

eigVals存放特征值,行向量。

eigVects存放特征向量,每一列带别一个特征向量。

特征值和特征向量是一一对应的

(4)保留主要的成分[即保留值比较大的前n个特征]

第三步得到了特征值向量eigVals,假设里面有m个特征值,我们可以对其排序,排在前面的n个特征值所对应的特征向量就是我们要保留的,它们组成了新的特征空间的一组基n_eigVect。将零均值化后的数据乘以n_eigVect就可以得到降维后的数据。代码如下:

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eigValIndice=np.argsort(eigVals)            #对特征值从小到大排序

n_eigValIndice=eigValIndice[-1:-(n+1):-1]   #最大的n个特征值的下标

n_eigVect=eigVects[:,n_eigValIndice]        #最大的n个特征值对应的特征向量

lowDDataMat=newData*n_eigVect               #低维特征空间的数据

reconMat=(lowDDataMat*n_eigVect.T)+meanVal  #重构数据

return lowDDataMat,reconMat

代码中有几点要说明一下,首先argsort对特征值是从小到大排序的,那么最大的n个特征值就排在后面,所以eigValIndice[-1:-(n+1):-1]就取出这个n个特征值对应的下标。【python里面,list[a:b:c]代表从下标a开始到b,步长为c。】