R语言中的基本函数使用 - 更新中

Python011

R语言中的基本函数使用 - 更新中,第1张

用法:assign(x, value, pos = -1, envir = as.environment(pos),  inherits = FALSE, immediate = TRUE)

assign函数在循环时候,给变量赋值。

举例说明:

1、

for (i in 1:(length(rowSeq)-1)){

  assign(paste("nginx_server_fields7_", i, sep = ""), nginx_server_fields7[(rowSeq[(i-1)+1]):(rowSeq[i+1]), ])

}

2、

for (i in 1:3){

    assign(paste("a", i, sep = ""), i:10)

}

ls()

[1] "a1" "a2" "a3" "i"

>a1

[1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

>a2

[1]  2  3  4  5  6  7  8  9 10

>a3

[1] 3  4  5  6  7  8  9 10

1、paste函数可用于字符串连接

用法:paste (..., sep = " ", collapse = NULL),分隔符默认为空格

我们简单举个例子

1)paste("a","b") ##能连接a b

[1] "a b"

paste("a","b","c")

[1] "a b c"

2)设置分隔符paste("a","b",sep="=") ##注意到用等号分隔了

[1] "a=b"

3)连接多个元素paste("a",1:5,sep="") ##会自动每个元素与a相连

[1] "a1""a2""a3""a4""a5"

4)paste("a",1:5,".pdf",sep="") ##比如想批量输出文件名

[1] "a1.pdf""a2.pdf""a3.pdf""a4.pdf""a5.pdf"、

2、collapse参数

谢益辉大佬说这个参数引无数英雄竞折腰啊,大家只会sep

1)paste("a",1,collapse="+") ##注意到了吧,collapse没用上

[1] "a 1"

2)paste(c("a","b","c"),collapse="+") ##这样就很容易理解了,collapse折叠起了元素

[1] "a+b+c"

3)paste("a",1:5,sep="") ##再来更明显的举例

[1] "a1""a2""a3""a4""a5"

4)paste("a",1:5,sep="",collapse="+") ##先在元素间连接,然后折叠

[1] "a1+a2+a3+a4+a5"

3、与paste0函数的区别

paste0函数,默认sep=""是两个函数唯一的区别

paste(c("a","b","c"),1:3)##默认空格符

[1] "a 1""b 2""c 3"

paste(c("a","b","c"),1:3,sep=" ")

[1] "a 1""b 2""c 3"

paste(c("a","b","c"),1:3,sep="")

[1] "a1""b2""c3"

如果两个向量长度不同paste(c("a","b","c"),1:5) ##超出范围后继续从前向后连接

[1] "a 1"  "b 2"  "c 3"  "a 4"  "b 5"

paste0(c("a","b","c"),1:3)#默认元素连接为sep=""

[1] "a1""b2""c3"

用法:unlist()函数的作用,就是将list结构的数据du,变zhi成非list的数据,即将list数据变成 字符串向量 或者数字向量的形式

如果是向量的话就直接输出向量

例子:

%in%相当于match()函数的一个缩写。用来判断一个数组或矩阵是否包含在另一个数组或矩阵里。举个例子一目了然:

#首先复制两个变量a和b

>a <- 1:5

>b <- 3:7

>a %in% b    #看a的元素是否包含在b中输出结果如下:

[1] FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE

用法:apply(x, MARGIN, FUN, ...)

作用:对 矩阵 的行或列使用函数,或者对 数组 的各个维度使用函数

x为数据对象,MARGIN是维度的下标,MARGIN=1表示行,MARGIN=2表示列,FUN是自己指定的任意或自定义函数

注:数据框dataframe也可以使用apply函数,该函数会自动将数据框转化为矩阵,但前提是数据框中各列的数据类型 必须是数值型,否则会报错。

用法:lapply(x,FUN,...)

作用:对列表中的各个元素使用函数

x是格式为列表的数据源,FUN是任意函数。

intersect(data1,data2):交集

union(data1,data2):并集

开始一个新的R语言数据分析新项目,管理脚本、图片、文件的推荐方式:打开Rstudio,新建Rproject,新建脚本(脚本存放在生成的Rproject文件夹中)。

若要逆着优先顺序操作,将返回NA

x %in%y是判断x中的每一个元素是否在y中存在。

若x和y长度不一致,返回x个TRUE或者FALSE。

⚠️练习:按如下方式生成test数据框,提取test中,最后一列值为a或c的行,组成一个新的数据框,赋值给test2。

这里如果使用==来判断,就相当于拿test$n的15个值与c('a','c')的2个值来一一对应着比对,因为两者长度不同,会发生循环补齐,其效果如下图,明显不是我们想要的结果。

x%in%y:选出x是y中一个值时的所有行

另:取交集、差集、并集的函数为:intersect(x,y)、union(x,y)、setdiff(x,y)、setdiff(y,x)

match函数的用法参考: https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84927296

使用match函数修改矩阵的信息

方法1--设置CRAN镜像:打开R studio,点击tools--global option--packages,选择Package CRAN reposotory。

方法2--设置CRAN和bioconductor镜像

用于读取/导出文件的R包

rio可以不用区分读入文件类型,大部分文件可直接用import()读取。

@ 是R中,S4类的一个操作符, 用于提取S4对象中的内容(slot) ,比如:

这个时候$是不起作用的,因为被S4类重写了。可以自己定义$的行为。

⚠️: matrix不能直接用$取列

⚠️因此如果想取数据框中的部分行,在方括号中直接输入行数即可,返回的仍然是数据框。但如果加了逗号,会丧失数据框的格式,也就是会使数据框的行名(往往是基因名)丢失。

后面存图时可以用paste0连接GSE编号和图片类型及后缀,这样不同数据的分析得到的图片名就跟数据相一致。

通过将变量因子化来设置柱条的顺序