如何安装和初始设定并使用conda

Python08

如何安装和初始设定并使用conda,第1张

1. 该装anaconda还是miniconda?

anaconda可以认为是一个完整版本的conda,里面有很多已经装好的软件,miniconda是精简版,里面什么都没装,所有想用的软件都是现用现装,推荐装miniconda。

2. miniconda的安装

MacOS:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

Linux:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Win10 bash:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

一顿yes之后,就可以了。关闭terminal再重新打开,输入conda,应该会显示很多选项。

3. 激活bioconda:

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

上述命令只需运行一次即可,以后都不用再运行这些了。

4. 更新conda:

首先要deactivate conda:

source deactivate

然后更新conda:

conda update conda

5. 使用conda:

创建一个名为bioinfo的environment:

conda create -y --name bioinfo python=3.7

然后激活bioinfo:

source activate bioinfo

装一个软件合集(来自biostar handbook):

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y

如果以后需要装这个软件合集里没有的软件,则只需:

conda install toolname

即可。

6. 更新biostar handbook提供的软件合集(推荐一年一次):

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda upgrade

可以作以下理解:

安装Anaconda后,在终端输入Python会显示“Python 2.7.14 |Anaconda, Inc.”字样。

这应该是 ~/anaconda2 文件夹下的Python解释器,因为安装的anaconda2,所以默认环境Python解释器也是Python2.这里的环境指的是Anaconda的base环境。

此时Python的依赖项也都是base环境里面的包。自然是没有你系统里安装好的tensorflow1.0.1的。

若此时 cd 到 /usr/local/bin 文件夹,运行 /.python 则终端显示“Python 2.7.14”,此时解释器用的是系统默认的,环境也是系统本身的环境,跟Anaconda无关。

此时 import tensorflow as tf ,可以成功, import 的是tensorflow1.0.1.

所以,究其原因,在于默认终端打开的Python解释器是Anaconda默认环境base里面的解释器,即使我们并没有显式地创建新环境(conda create -n XXX),Anaconda还是有自己的默认环境,因此终端打开的Python才带有 |Anaconda, Inc. 字样。

如果删除“~/anaconda2”文件夹,相当于删除了Anaconda,此时在终端输入Python打开的就只能是系统自带的Python解释器,环境也只能是系统的环境,所以系统里面在安装Anaconda之前的一切都没变,还能照常使用。

Anaconda具有如下特点:

1、开源。

2、安装过程简单。

3、高性能使用Python和R语言。

4、免费的社区支持。

其特点的实现主要基于Anaconda拥有的:

1、conda包。

2、环境管理器。

3、1,000+开源库。

如果日常工作或学习并不必要使用1,000多个库,那么可以考虑安装Miniconda。

一、安装miniconda

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A ,在这个网站里找链接。

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda-3.0.4-Linux-x86_64.sh

这个版本比较早14年的。

但是发现之前用所里的conda建立的环境打不开了。而且create都不行。。。完全不能用啊。

二、还是安装升级版的anaconda吧。

在 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 查找版本

wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh

安装到了/data/zds209/anaconda3这个文件夹下。

三、用自己的conda建立自己的虚拟环境

conda create -n R_4.0 python=3.8.3

注意的是一开始报了个错:

Collecting package metadata (current_repodata.json): failed

在.condarc 文件里如下调整:添加了一些源,把之前的缘给#注释掉。

四、升级conda

conda upgrade -n base -c defaults --override-channels conda

升级后为 conda4.13.0

五、用conda安装R

输入 conda install r-base=4.0 ,跑了十来分钟,突然跳出一个可怕提示,然后就没了。这是系统发现有个占内存太多的运行,给我灭了。。

折腾折腾这么多天conda,学习虚拟环境,都是为了在linux里面安装R。。。。。快崩溃了。我去求助信息中心大神同事去吧。。真挫败。