richness是什么意思

Python013

richness是什么意思,第1张

richness[英][ˈrɪtʃnəs][美][ˈrɪtʃnəs]

n.丰富富裕浓烈富饶

例句:

1.

A firm can create desirable images and associations by designing a package that conveys impressions of richness, luxury, and exclusiveness.

一个公司能够创造不错的形象和关系,这是通过设计一个能够传达富足、奢侈和专属感的印象的包装来实现的。

2.

National specificities, a richness of europe, would of course persist, but as a consequence of sharing the euro all eurozone countries would gradually become somewhat more similar to the template developed in germany as ordnungspolitik, the orderly structured application of liberal principles.

欧洲当然要保留各国的特征,以体现欧洲的多样性,但由于共同使用欧元这一种货币,所有欧元区国家将逐步变得多少更像是德国的“秩序政策”(ordnungspolitik)模式即对自由原则的有序结构性运用。

alpha多样性指数的大小是与使用的ASV/OTU表的抽平深度有关,为探究样本alpha多样性随抽平深度的变化曲线,可绘制稀释曲线(rarefaction curve),这是生态领域的一种常用方法。

稀释曲线通过从每个样本中随机抽取一定数量的序列(即在不超过现有样本测序量的某个深度下进行重新抽样),可以预测在一系列给定的测序深度下,所可能包含的物种总数及其中每个物种的相对丰度。因此,通过绘制稀释曲线,还可以在相同测序深度下,通过比较样本中ASV/OTU数的多少,从而在一定程度上衡量每个样本的多样性高低。

Richness指数(物种丰富度指数)的Alpha多样性曲线在很多情况下等同于稀释曲线(rarefaction curve)。下面我开始绘制简单的稀释曲线和Richness指数曲线。

数据文件长这样:

1.调用相关R包,读取otu物种丰度表;

2.定义函数;

3.vegan包rarecurve()可以直接绘制稀释曲线;

4.下面绘制Richness指数曲线

稀释曲线可直接反映测序数据量的合理性,并间接反映样品中物种的丰富程度,当曲线趋向平坦时,说明测序数据量渐进合理,更多的数据量只会产生少量新OTUs(物种);反之表明不饱和,增加数据量可以发现更多OTUs。